嘉慶五年，阮元在杭州的成功也得到了朝中一致認可，即便是一向對阮元升遷過速不滿的慶桂，也不得不暫時偃旗息鼓，承認阮元救災海防之功。嘉慶也一直對阮元讚許有加，稱阮元保舉有功將士，從來以賞銀為主，厚待士卒，但卻絕不輕易保舉官職，深得士眾之心的同時，也沒有亂了朝廷法度。每逢決案，亦必詳慎，刑案文卷事由、證據清楚明白，絕無枉法怠惰之處。甚至有幾次和紐祜祿氏獨處之際，也不覺對她說起了這些。
“既然阮元做得好，那就多讓他做幾年浙江巡撫吧。”看著阮元確是個實幹之臣，嘉慶一時間也對他再無疑慮。
可到了年終，阮元與撫院眾人清點賬目時，卻依然愁容滿麵。
“也就是說，整個嘉慶五年，我們實際上一點虧空也補不上嗎？”阮元問道。
“是這樣的。”孫星衍道：“這一年來，能追賠的官員欠款，倒是追回了不少。可海防要用錢、賑災要用錢，尋常開支又不見少，各縣入賬，我看隻有富陽一個縣能夠足額征稅，全省錢糧實征之數，隻有應征額的六成。能保證不出現新的虧空，已是很不容易了。”孫星衍所言“應征”是清代官府固定的征稅數額，所以即便“實征”錢糧達不到應征數額，也未必就會虧空，像這一年雖然實征數額隻有應征的六成，卻也基本維持了收支平衡。
“我也問過皇上，皇上的意思是，支援川楚的軍費不算在開支之內，受災各府縣賦稅也都已經蠲免了，即便如此，想要補上這個漏洞，還是這般困難啊？”阮元歎道。
“多虧了前線將士用命，今年後半年屢戰屢捷啊。”孫星衍道：“聽前線戰報，說那最初傳播白蓮教的劉之協，前些日子已經落網了。此外今年冉天元、劉允恭、楊開甲各部均被剿滅，還有不少人投降了朝廷。川楚形勢已然見好，敵人餘部盤踞山嶺，也有一段時間不敢和官軍正麵交戰了。這樣看來，若是來年戰事有所緩和，說不定咱們浙江就不用調那麽多銀子去前線了。”他所言劉之協是最初在湖北傳播白蓮教的反清領袖，在民眾中頗有號召力，這一年他被清將馬慧裕俘殺，對於白蓮教眾而言是個不小的打擊。而當戰事進入嘉慶五年之末，白蓮教眾也漸漸無力支撐，隻能分散川楚險要之處，繼續做困獸之鬥。