六月十八日午時，太中大夫孔融以不孝不義之罪在許都朱雀門被腰斬棄市。就在同一天，曹操往中原各州郡下發了南征荊州的動員令。
本來，最初在禦史台、丞相府給孔融合議的罪名是“不忠不孝不軌不義”，當這個合議結果送到尚書台和皇宮大內參核用璽之際，又被從中拿掉了“不忠不軌”四個字的罪名。尚書台的郎官們的理由是很有說服力的，倘若真的坐實了孔融“不忠不孝不軌不義”的罪名，那麽依照漢律是要族誅的。天下士族名門均可族誅，唯獨魯國曲阜孔氏，是不能連根拔除的……自漢武大帝罷黜百家、獨尊儒術以來，孔子即為萬世師表，儒門一脈為天下宗學根源。如今若是不顧實際依照漢律將孔聖血脈斬盡殺絕，丞相府、禦史台將有何麵目麵對天下士民？相府內外、朝廷上下的士僚本就對擒拿孔融心懷莫大疑慮與反感，若是再行族誅，隻怕朝野的士庶之心就會崩散淆亂、難以收拾了！任何執政宰輔，你若公然不尊儒學大道，那麽這天下九州域內千千萬萬的儒林名士又何必尊你？所以，隻有以“不孝不義”之罪名將孔融定罪，方才不至株連到魯國孔氏全族，如此，則聖人世家得以保全，天下士民不致激成劇變，中原綱紀也不致因此而紊亂。
曹操在見到尚書台郎官們以書牘形式給出的這個理由之後，立刻便懂得了這些話其實是隱在尚書台幕後的荀令君，托他這群手下郎官們之口說給自己聽的。他當即就毫不猶豫地采納了，隻殺掉了孔融夫婦和他的一兒一女。
然而，就是這樣妥協的結果，他也沒能換得片刻的寧靜——一場從全國各地潮湧而來的口誅筆伐，很快將他推到了風口浪尖。劉表、劉璋、劉備三個宗室帝胄在第一時間內呈上了“萬民書”，指斥曹操濫殺名士、毀聖亂法；江東名儒張昭、孫邵、顧雍、諸葛瑾、秦鬆等數百名士族郡望也紛紛向許都遞進了聯名意見書，要求朝廷為孔融平反申冤，並點名指責郗慮應當引咎辭位，其文辭鋒芒也隱隱刺向了曹操。郗慮第一個承受不住這一波的輿論攻擊，在六月十九日下午便慌忙辭去了禦史大夫之位。而先前支持給孔融定罪的華歆、董昭等曹操的心腹名士如今無論走到哪裏，也都被許都的名士大夫們戳著脊梁罵得個坐立不安。