王敦當上征南大將軍，開府建牙，手握重兵，對不服自己的大臣，開始展開殺伐決斷，根本不用經過皇帝。
陶侃是個有功勞的將領，但和王敦不是同一路人。於是，王敦便扣押陶侃，將他降為廣州刺史，而任命王廙為寧遠將軍、荊州刺史。
而這個王廙在荊州的做法是，幾乎殺光了陶侃的人，為的就是讓荊州成為王敦的地盤。
這個做法，導致的結果是“士民怨怒，上下不安”。至於皇帝的話，那就更加怨怒和不安了！
他知道，再讓王敦這樣無法無天下去，東晉也很快會滅亡的！自己的帝位也會不保！
於是，他把王廙免了，讓自己的人去做荊州刺史。
王敦一看皇帝這樣做，不知道皇帝的具體心思，要是就此要收拾自己，那自己啥也別說，抄起武器就反了；要是隻是對王廙有意見，那自己還可以忍忍。於是，想出一個試探的招數，那就是上表辭職。
其中有些話，說得綿裏藏針，敲山震虎，實則是在向皇帝示威。
他說他自己一家特受榮任，備兼權重，渥恩偏隆，寵過公族，就是走在路上的平頭百姓，都覺得這樣是不行的，我怎麽能安心得到這些呢？
這話的內在意思是，百姓們都覺得我權力大了，您皇帝還不更覺得我權力大嗎？還不想著廢了我？我沒有辦法了，隻有辭職，“以塞群小覬覦之望。”
司馬睿又不是傻子，哪裏會不知道他的意思？當下忙下詔不許，依然做原職。
他雖然不敢冒然得罪王敦，卻也不是任由王敦胡作非為下去的傻子，他想出了對付王氏勢力強大的辦法，那就是：提拔自己人，擠掉王氏！於是，任命劉隗、刁協、戴淵用事，周顗為尚書左仆射，將領方麵，開始重用劉琨、祖逖。目的，自然就是為了疏間王氏。
這一下，連王導也躺著中槍。不過，王導心內雖不平，臉上卻裝作沒事，心裏也沒想著推翻司馬睿，而是用平常人最難接受的法子——忍。