曾國藩處理天津教案期間，在江寧發生了一件大案，接替曾國藩任兩江總督的馬新貽在光天化日之下被刺客刺殺。清朝開國以來，封疆大吏在大庭廣眾之下被刺殺，這還是第一例。
清廷得知這一噩耗後，立即任命曾國藩為新任兩江總督，空出來的直隸總督位子，由李鴻章接任。這意味著，年老體弱的曾國藩，又得長途跋涉，去往南方做官了。
曾國藩臨行前，慈禧太後多次接見了他。對這位即將遠行的老臣，慈禧太後似乎有太多的話想要說。
慈禧太後問及天津教案的後續處理情況。曾國藩回答道：“人犯尚未處決。李鴻章給微臣來信說，將在二十五日行刑。”
慈禧太後又問及直隸練兵的情況。曾國藩答道：“微臣招募了新兵三千，加上前任直隸總督官文訓練的四千兵，一共是七千。微臣還想再招三千，合成一萬。這件事情微臣已經和李鴻章商量妥當了，一切都按照之前奏定的章程辦理。”
慈禧太後又問曾國藩回到兩江後，將如何練兵，預防洋人的進攻。曾國藩回答說：“這確實是一件值得憂慮的事情。以目前中國海軍的實力，還不足以在海上與洋人決戰。做好防守才是最關鍵的。微臣準備在長江兩岸及江中要害之處，繼續加修炮台，以抵禦洋人的戰艦。至於陸師方麵，前任兩江總督馬新貽訓練的兩千兵，微臣到任之後，繼續加以訓練，就足夠應付局麵了。”
帶著慈禧太後的殷切希望，曾國藩再一次就任兩江總督。他所遇到的第一件麻煩事，就是查出馬新貽被刺一案的幕後真凶。
馬新貽是李鴻章、郭嵩燾、沈葆楨等人的同年。在他們這一榜的進士中，馬新貽算是考得比較差的一個，最後被分發到安徽做知縣。憑著出眾的行政能力，馬新貽一步一步往上爬，終於做到了兩江總督。