有一天，蔣介石突然召見戴笠，問起關於王亞樵的事情，戴笠把他與王亞樵的關係，一五一十做了匯報，不敢隱瞞。他並不知道，蔣介石與王亞樵是有恩怨的。
1929年，王亞樵與“西南派”王樂平、常恒芳、劉廬隱、餘立奎等人組成反蔣集團，開始積極謀求以軍事實力討蔣。並由王亞樵聯絡第六路軍總指揮兼安徽省政府主席方振武、第十三路軍總指揮石友三起兵反蔣，但由於反蔣組織成員、上海招商局總辦趙鐵橋告密，西南派的中堅人物王樂平被蔣派遣的特務陳希曾暗殺，方振武被誘捕軟禁於南京。石友三失敗。王亞樵知情，派殺手於1930年7月24日上午10時將趙鐵橋擊斃於上海招商局門前。
1930年，蔣為籌集經費，在安徽省推行“米照捐”。王亞樵為此組織“安徽旅滬學會”，發起召開抵製“米照捐”大會，同時推派一路代表，分赴南京、廬山、安慶等地請願，組織安徽米商罷市，米船停運等等，造成米價飛漲，民眾怨恨政府，蔣不得已取消“米照捐”。蔣後來得知此次運動是王亞樵一手策劃組織，當即明令查封“安徽旅滬學會”，密令戴笠監視王亞樵的行動。從此，戴笠與王亞樵的師徒關係結束，開始了長達6年多的較量。
1931年2月28日，蔣下令將“西南派”領袖胡漢民軟禁在南京湯山。“西南派”被激怒，派人攜26萬元巨款到上海找王亞樵，請求殺蔣救胡。王受命後，經過周密的研究和計劃，派出兩路刺客，分赴南京、廬山，伺機下手。在廬山一地，殺手陳成在山道上恰遇蔣介石，陳成掏手槍就射，但由於距離稍遠和過份緊張，子彈擦身而過。陳成一擊不中，當即被蔣的衛士亂槍打死。南京一地，4名殺手終於等到一次蔣介石演說的機會，化裝成新聞記者和學生混進會場，在此千鈞一發之際，因擔任總聯絡人的王亞樵妻子王亞瑛臨陣怯懦，發出“暫緩執行的”暗語，使得南京刺蔣功虧一簣。結果，兩地刺蔣都沒有成功。