馬超推行這次大變革的第二大類法規，針對的是軍中的一應事宜。
無論是民生還是商業，一切的一切，都是在為國富民強打基礎，而一個勢力的強弱，最直接的體現，便是體現在軍隊的戰鬥力上。對此，馬超是絕不會忽視的。
為此，馬超對西涼所屬的軍隊，也進行了一次曆史性的改革。
首先，針對戰時的複雜情況，馬超推出了軍中令。在軍中令中，規定無論是地方軍還是正規軍，甚至是奔雷騎和破軍陣兩支精銳，都不得有絲毫的違反。從擊鼓則進，鳴金則退的最基本軍事條例開始，一直到大兵團多兵種協同作戰的進退之法，軍中令都做出了明確的規定，一旦有人違反，則會按照軍中令中所規定的九禁十八斬的軍法，予以嚴厲的懲處。
軍中令中有嚴厲的一麵，也有優待將士們的一麵。比如說，軍中令中規定了將士們日常的食譜，凡是正式在編的軍士，都必須保證每日三餐，三餐中必須有一頓要帶有葷腥，葷素搭配，保證將士們的身體機能始終保持在較高的水準。同時還明確規定了各級將士們的軍餉，暫定為每三個月發放一次，任何人不得以任何理由，對將士們的口糧和軍餉進行克扣，一經發現，按照九禁十八斬之令，就地格殺。
其次，馬超還頒布了戍卒令。戍卒令是針對沒有戰事的情況下，對西涼將士們的日常令法。戍卒令中，詳細的規定了西涼將士們的構成框架，規定中央軍中，每十人為一隊，設隊長一名；每五隊為一大隊，設隊率一名；每兩大隊為一屯，設屯長一名；每五屯為一曲，設軍侯一名；每兩曲為一部，設校尉一名；每五部為一營，由製定的將軍擔任指揮官。
戍卒令的頒布，無形之中廢除了自秦漢以來，維持了數百年之久的軍事結構，將原本等級繁多的軍事框架，簡化成了自上至下的六個等級，不但有效的縮短了軍令下達的過程，使各級將士的行動更趨於迅捷，更是大大減少了將軍們之中，有人利用空頭士兵吃空餉的可能，起到了軍中反腐的作用。