鮑爾默向蓋茨提出他隻行使管理職能，對於編程來說他是不懂的，所以他絕對不做有關編程的工作。蓋茨答應了鮑爾默的要求，因為他急需鮑爾默這樣的超級管理人才來做微軟的大管家。於是，24歲的鮑爾默放棄了他在斯坦福的工商管理碩士學業，來到了比爾·蓋茨身邊，幫他排憂解難，使微軟公司順利地度過了管理混亂的困境，並開始了他在微軟的傳奇人生。
1980年，比爾·蓋茨正式聘請史蒂夫·鮑爾默擔任微軟公司總裁個人助理，也就是比爾·蓋茨的助理。當時，比爾·蓋茨以5萬美元的年薪和微軟公司7%的股份聘用了鮑爾默，在蓋茨的遊艇上鮑爾默簽下了聘用合同，成為了微軟公司的第一個非技術員工，開始了他在微軟的職業生涯。2008年鮑爾默成為了微軟公司的總裁，也成為了服務於微軟公司時間最長的員工。
在鮑爾默來到微軟之前，微軟公司還沒有正規公司的樣子，一切都是老板說了算，沒有明確的規章製度，也沒有領導班子，隻是擁有一群充滿朝氣和幹勁的年輕人。剛開始工作的時候，由於鮑爾默的職權界限並不明顯，特別是在微軟公司創業的這些員工都是以技術立身，而微軟又靠技術創業，所以當他們看到一個不懂編製軟件程序的人來管理他們時，心裏並不服氣。因此，鮑爾默的工作在初期受到了不小的阻力。不過，鮑爾默卻以他獨特的個人魅力和雷厲風行的管理手段很快贏得了員工們的敬佩。
鮑爾默來到微軟遇到的第一個重大事件就是IBM和微軟公司的首次合作。鮑爾默參加了微軟公司和IBM的多次談判，並且負責向IBM報價的工作。在鮑爾默來到微軟公司的第三個星期時，他和比爾·蓋茨發生了第一次爭論。當時微軟公司雇用了30名員工，鮑爾默卻堅持再招聘50名員工。對此，蓋茨不同意。因為看到微軟的很多早期客戶由於經營不善而難逃破產命運，蓋茨害怕微軟公司也遭不測，所以他認為公司必須短小精幹才更有利於發展。但是鮑爾默卻絲毫不肯讓步，最後以比爾·蓋茨妥協而告終。