在用人方麵，張居正從不徇私情。凡是被張居正重用的人，都是具有大才的人。不管是親人還是仇人，隻要有才華有能力，張居正都會加以重用。張居正上台後就曾說過：“不以己之好惡決定用人取舍，而是根據才能推薦部院人選。”
刑部尚書王之誥與張居正是親家，其職位也是由張居正大力提拔而來的。但是王之誥確實是一位賢才，在任職之後做出了十分突出的政績。所以，張居正在提拔人才時，朝中的官員並沒有太大的爭議。因為大家都知道，隻要被張居正加以重用的人一定是大才。一般來說，如果沒有真正的才能，即使是朋友或者親屬，張居正也不會徇私用人。因而，張居正在朝執政期間，其用人之道得到了很多人的稱讚。
隆慶元年（1567年），正是張居正進入內閣的時候。當時明朝的兵力非常鬆懈，邊防更是無紀律可言。俺答再次侵犯中原，在張居正與高拱的合力下，邊防才漸漸有了起色。張居正明白，邊防對於整個國家來說是極其重要的，因此在他上台之後便開始調兵遣將，整頓軍事。
張居正經常與一些邊防將士通信，了解當地的軍事情況，並且再加以部署。由於張居正知道邊防將領的挑選關係著國家的安寧，所以他在挑選邊關將領時，既要求英勇善戰，還要求將領一定是足智多謀的人。而張居正一旦挑選了合適的人選，便會無任何顧慮地將各個要塞交予對方。由此，我們可以看到張居正的用人不疑。
當時明朝有很多有名的將領，包括譚綸、戚繼光、李成梁、王崇古、方逢時、殷正茂、淩雲翼等。也正是因為有這些人的存在，北方的俺答與南方的倭寇才無時無刻不膽戰心驚。而這些將領中最有名的便是戚繼光與李成梁。
隆慶元年（1567年），北方邊防的兵力懈怠，於是張居正便將戚繼光派往薊州擔任主帥。