李鴻章在壓垮了胡雪岩之後，下一個目標便是朝中的軍機大臣左宗棠。
李鴻章與左宗棠的矛盾由來已久，他們早在攻打太平天國之時就曾有很深的矛盾。李鴻章與左宗棠當初都拜在曾國藩的門下，曾國藩是一位清代難得的英明大臣，當初在打太平天國的時候，曾國藩的湘軍是主力軍，李鴻章和左宗棠的淮軍和楚軍都各居一地。當時曾國藩的湘軍一路驍勇善戰攻打到太平天國的老巢天京，但是由於湘軍一路殺敵太過疲累，所以，朝廷派李鴻章的淮軍去支援。李鴻章這才去天京支援老師的戰事，然而這件事情卻順勢被人說成是李鴻章故意拖延時間，與曾國藩爭功。其實與其這樣說，倒不如說是李鴻章是為了養精蓄銳，以助湘軍打敗太平軍。但是接下來發生的一件事情好像才體現出李鴻章的真正想法，那就是李鴻章在幫助曾國藩的湘軍挫敗了太平軍的主力之後，又轉移到了左宗棠的陣地去搶攻，而當時太平軍的勢力已經大減，左宗棠為此感到很是惱火。左宗棠是一個直言直語、脾氣火爆的人，麵對這等事情，他當然是不會罷休的。於是左宗棠便在朝堂上狠狠地參了李鴻章一本，因此，李鴻章被降了兩職。就這樣，李鴻章和左宗棠結下了深深的積怨，但是李鴻章並非一般人，他把諸多抱怨都藏在心裏，暗下決心總有一天會讓左宗棠下台。
還有一次，李鴻章和左宗棠也有著極大的衝突。當年新疆叛軍阿古柏聯合英、俄軍隊準備叛變，當時清政府麵臨著內憂外患的情勢，一方麵洋人們打開了中國的港口不斷地騷擾東南各省；另一方麵太平天國叛軍剛剛平息，叛亂不斷，新疆地區又出現叛變。1872年阿古柏開始印發自己的貨幣，形勢十分嚴峻，1874年日本入侵台灣地區，對於新疆問題朝廷開始進行朝堂議事，當時以李鴻章為首的主和派和以左宗棠為首的主戰派形成了兩大對立幫派。李鴻章一派認為當時應該盡力看守住東南各省，東南各省是國家主要經濟的來源，也是重要的港口城市，而荒瘠的西北地區可以適當放棄。於是，李鴻章認為應當全力進行海防，而放棄塞防。而左宗棠卻認為，新疆地區自古以來就是中國的領土，如今發生叛亂，形勢嚴峻，如果一旦暴亂成功，將會嚴重威脅到京城等首要重地，所以理應盡早出兵繳平。