霍金曾在自己70周歲生日宴會上坦言：“女人完全是個謎。”到底女人是個謎，還是霍金不懂女人呢？
2007年，霍金和伊萊恩在分居一段時間之後離婚，這段長達11年的陪伴也走到了盡頭。而霍金這段婚姻終結的原因，比起第一段婚姻更加撲朔迷離。
作為一個男人，霍金渴望女人的陪伴，但他似乎無法真正了解女人，也許這不能怪他，因為他的精力似乎都用來研究宇宙了。對於伊萊恩，霍金體會到了一種依賴，並且享受那份關懷，這當然也可以稱為愛情。但令霍金沒有想到的是，這次的婚姻使他自己掉進了“婚姻的黑洞”。
霍金和伊萊恩的婚姻是不被祝福的，在婚禮現場，霍金的子女無一人出席，這令霍金有些失落。或許，這段婚姻從一開始就是錯的。
2000年，霍金開始頻繁受傷，先是一些輕微的外傷，後來竟然發展到了手腕骨折的地步。同事們大為驚異，詢問原因的時候，霍金隻回答說是從輪椅上摔了下來。
而僅僅過了一年，霍金險些命喪陽光下。一名女護理看到霍金暴曬在院中，他雙眼緊閉，皺著眉頭，一副很痛苦的表情，護理試著跟他說話，想把他推到陰涼的地方去，霍金卻沒有答話，她這才發現霍金已經陷入了昏迷，於是連忙報警，霍金這才幸免於難。但此次的事件總給人的感覺是有人故意為之。
2004年，霍金再次感染了肺炎，住院期間，醫生驚奇地發現霍金身上有很多不明傷痕，他臉上有一些淤青的痕跡，嘴唇上也有一處明顯的刀傷，而且手腕再次骨折。對於這些令人震驚的情況，警方開始介入調查，而霍金卻很不悅地指責，這是侵犯他的私生活。但是作為霍金的女兒，露西卻無意中發現霍金的呼吸器也被人做了手腳，這是明顯的“意圖謀殺”！看來，事情已經到了非常嚴重的地步。