由於不願意為新的聖彼得堡市長效力，普京經曆了一段時間的短暫失業。但為了養家糊口，他還得出來自謀生路，開始接下來的生活。
上帝總是把機會留給那些有準備的人。1996年，好的機會又一次降臨到普京身上。這天，普京手裏拿著飛機票正準備登機，到外地尋找之前的舊交，準備做一些養家糊口的小買賣。就在這時，電話鈴聲突然響了起來。電話的另一頭正是原先在一起共事的聖彼得堡副市長——阿萊克塞·鮑爾薩科夫。“聽著，弗拉基米爾，你是否打算到莫斯科來？”他問道，“明天我要去見一個非常重要的領導，主要也是謀一份差事，不知道你有沒興趣一起前往呢？”從他的口氣中可以聽出來，這個一度在莫斯科大街遊**的家夥此時此刻是非常興奮的。
原來，此時的鮑爾薩科夫已經在葉利欽身邊擔任了國家副總理。就這樣，普京應鮑爾薩科夫的邀請，來到了首都莫斯科，並擔任了總統事務局的副局長，專管法律處和俄羅斯境外財產以及政府外貿的相關事項。
1997年3月份，普京又被任命為總統辦公廳副主任兼監察局局長一職。這個總統辦公廳和總務局可不是一個概念，總務局主管的是具體的物，即房子和房子有關的具體事項，而辦公廳則是專門為總統服務的專職部門。
1998年5月，普京得到總統葉利欽的器重，並開始擔任總統辦公廳第一副主任，在這個過程中，普京與葉利欽建立起了“家人”的關係。葉利欽曾在自己的回憶錄《午夜日記》中說過，自己身邊的波雷耶娃、丘拜斯、亞曆山大·沃洛什、瓦連京·尤馬舍夫等人是他的家人。同年7月，普京又被葉利欽任命為聯邦安全總局局長。俄羅斯聯邦安全局主要是由聯邦安全局和對外情報局組成，從某種層麵而言，這兩個機構就是克格勃的一個縮影，不過這兩個機構已經脫胎換骨，成為了俄羅斯十分重要的強力機構。當時的普京軍銜不過是預備役中校，葉利欽想把他提拔為將軍，可是普京並沒有接受葉利欽的這一想法。因為，普京心裏明白，從一名中校直接提升為將軍，是很不合適的，即便是少將也是不可能的。普京以預備役中校的身份管理聯邦安全局讓很多人不服氣，但普京根本就不在乎這些。上任當天，普京就站在俄羅斯聯邦安全總局的大樓，當然也是過去克格勃的總部大樓，說了一句話：“我回家了！”