普京出任俄羅斯聯邦政府總理時，正處於車臣恐怖分子猖狂之際，對於普京而言這正是一次顯露身手的好機會。當年，車臣恐怖分子在達吉斯坦和莫斯科、伏爾加頓斯克以及布伊納克斯克等地製造了一係列駭人聽聞的恐怖事件，普京聞聽此消息，怒發衝冠，一向鎮定的他從牙縫裏擠出了一句話：“我們必須將打擊恐怖分子的工作進行到底，即便是逃進了廁所，我們也要將他們溺死在馬桶裏！”
可以說，普京能夠在俄羅斯政壇長期屹立不倒，與他在人們心目中所樹立的“反恐堅強鬥士”的形象有著很大關係。普京毫不猶豫地承擔起剿滅車臣武裝力量的重任，並決定再一次發動車臣戰爭，命令俄軍一定要用重拳打擊車臣的叛匪。這一招果然產生了效力，俄羅斯民眾的某些輿論也發生了改變，普京的名望在他們的心目中迅速攀升。普京並沒有辜負當年葉利欽的囑托，他唯一能做的就是用政績來證明自己的實力。
1999年8月中旬，俄羅斯國家杜馬召開會議，會議討論是否正式任命普京為俄羅斯聯邦政府總理。會議上，普京就如何處理車臣問題再一次發表聲明：“俄羅斯領土完整是一個不容討論的問題，而且也不可能需要和每一個侵害領土完整者進行討價還價。”在普京成為總理的第二天，他便發表講話說：“政府將堅決地、徹底地打擊車臣的匪幫。”接著，普京又親自統領俄羅斯聯邦軍隊，迅速展開了對車臣恐怖分子的大規模圍剿行動。
根據普京的戰略部署，俄羅斯軍隊出動飛機和大炮，對盤踞在達吉斯坦的車臣非法武裝分子進行了極為猛烈的轟炸。8月18日，俄羅斯軍隊完全控製了哈拉米山口這一有著重要意義的軍事要塞，從而切斷了車臣恐怖分子進入達吉斯坦的咽喉要道。
9月16日，大規模圍剿恐怖分子的軍事行動拉開了帷幕，俄羅斯軍隊做好了一切應戰準備。9月23日，俄羅斯總統葉利欽簽署了最高命令，決定在北高加索山區進行反恐特別行動。第二次車臣戰爭打響了。