光緒二十九年(1904年)，湖廣總督張之洞奏請設總理學務大臣，以領轄全國學務，京師大學堂另設總監督一人。自此以後，學務大臣統轄全國教育，總監督則專管大學堂事務，京師大學堂從而成為單純的高等學校。十一月二十七日（1904年1月14日），孫家鼐擔任首任學務大臣，張亨嘉為京師大學堂總監督。1906年，孫家鼐向朝廷上奏：“……新律修訂，亟需儲備裁判人才。宜在京師設一法律學堂，考取各部屬員，入堂肄習。畢業後派往各省，為佐理新政，分治地方之用。課程比照大學堂奏定學科，酌量損益。常年經費，每年約銀四萬兩，由各省分籌撥濟。開辦經費約需銀三萬兩，請歸戶部籌撥。……大學堂政治專科法律學門所列科目備詳中西法製。原係儲備佐理新政之用，惟須俟預備科及各省高等學堂畢業學生升入。現在預備甫設，專科尚未有人。伍廷芳等所請專設法律學堂，實為當務之急，自應準如所請。”經過緊張籌備，同年10月，京師法律學堂正式開學。
光緒三十四年十月二十一日（1908年11月14日），光緒皇帝駕崩於瀛台涵元殿，年僅38歲。慈禧宣布懿旨，載灃之子溥儀（3歲）入承大統。次日，太後再也沒能像以前那樣，選定小皇帝後繼續訓政，而是在跨越73歲這道坎時，一腳踏空，一命嗚呼。
生前，光緒皇帝曾對即將離任的女侍衛官德齡談了自己內心的苦衷，德齡在《清官禁二年記》做了詳實的記錄：
我沒有機會把我的意思宣布於外，或有所作為，所以外間都不大知道我。我不過是替人做樣子的。以後再有外人問你，隻告訴他我現在所處地位實在的情形。我有意振興中國，但你知道我不能做主，不能如我的誌。
在慈禧無休止的虐待下，在儒家文化及其“孝道”無形枷鎖的束縛下，光緒皇帝就像是被兩支巨手越來越緊地卡住了脖子，希望日益渺茫，反抗的氣力日益減弱，最後是銳氣盡消，麻木不仁。臨死前幾年，已經是“眼睛像死羊一樣，呆呆的”！臨終前，涵元殿內淩亂不堪，牆壁四周全是蜘蛛網，窗戶紙又黃又破，野風吹進來，發出鬼哭狼叫般的哀鳴。火爐也已破裂，早已不能生火；桌子和椅子都很黑汙，好長時間無人擦拭。桌上有一盞小油燈，光小如豆。光緒皇帝的**，被褥又單又髒，散發出一股嗆鼻子的藥臭味。“禦榻旁無古玩物，惟見《貞觀政要》《太平禦覽》《永樂大典》三部而已。”在咽下最後一口氣的急促的呼吸間隙，他還不忘恨恨地痛罵袁世凱的賣主求榮！