孫家鼐原本計劃隻在壽州住上幾個月，就返回京城。可是，計劃不如變化快。狀元府剛建成不久，母親還沒住習慣，就身染重病。三哥、四哥地方事務多，先行回了任所，孫家鼐就向朝廷續假，在家護理老母親。請醫請藥，問寒問暖。母親病危前，他連續兩個多月守在床邊上，和衣而眠，一有動靜，就起來幫助母親按摩、翻身、拍後背，以減輕她的痛苦。同治十二年（1873），十二月二十三日，母親孫林氏病逝，享年八十二歲。死後，安葬在城南十裏鋪，與丈夫孫崇祖合葬。
按照當年的規矩，父親或母親逝世，為官的兒子無論官銜大小，一律從父母去世那天算起，辭去官職，在家守孝二十七個月，稱作“丁憂”。 “丁，當也。”是遭逢、遇到之意；“憂，居喪也。”目的是回報父母的養育之恩。因為孩子三歲前，身體單薄，容易生病，一天也離不開父母親的悉心照料。沒有特殊原因，國家是不能強招丁憂的人回去上班的；實在需要，強招丁憂之人為官，叫做“奪情”。
因此，孫家鼐再次向朝廷上了奏折，在壽州丁憂。
二十七個月，三年多時間，除了逢七到母親墳上燒紙，逢周年、三周年給母親做法事之外，其餘寶貴的時間，對於孫家鼐來說，也是寸時寸金，容不得白白浪費。他聽說八公山內的孫家花園已經荒廢多年，就萌生了修整孫家花園的念頭。他想在孫家花園裏開辦一個小型書院，眼前，專門用於輔導兒子、侄子功課；長遠，為自己辭官歸裏、告老返鄉做個準備。
“學成文武藝，貨與帝王家”。雖然滿打滿算，從中狀元、做翰林開始，他在官場上隻是摸爬滾打了十多年，基本上是一帆風順的，但他耳聞目睹了不少官場上的險惡，上下級之間的相互傾軋，同級之間的爾虞我詐，他覺得，自己是個老實、忠厚、本分之人，原本就沒有多麽強烈的當官欲望，差不多的時候，就應該急流勇退，落葉歸根，享受一下“采菊東籬下、悠然見南山”的田園生活。不必一條路走到黑，非要幹個出將為相，年邁體衰才衣錦還鄉。