創建京師大學堂的目的，就是要廢除勞而無功的“虛學”，致力於學習西方先進的“實學”——科技知識和人文知識，以“造就通達時務之才”。
孫家鼐看見了總署轉交、梁啟超代筆起草的《總理衙門奏擬京師大學堂章程》，第五章“聘用教習例”第一節寫道：
同文館及北洋學堂等，多以西人為總教習。然學堂功課，既中西並重，華人容有兼通西學者，西人必無兼通中學者。前此各學堂於中學不免偏枯，皆由以西人為總教習故也。即專就西文而論：英、法、俄、德諸文並用，無論任聘何國之人，皆不能節製他種文字之教習；專門諸學亦然。故必擇中國通人，學貫中西，能見其大者為總教習，然後可以崇體製而收實效。
孫家鼐讀後，覺得似乎也有些道理。他眯縫著眼睛，繼續往下看。第四節寫道:
用使臣自辟參、隨例，凡分教習皆由總教習辟用，以免枘鑿之見，而收指臂之益。其歐美人或難以於聘請者，則由總教習、總辦隨時會同總署及各國使臣向彼中學堂商請。
總教習、分教習的職責具體、明確：
功課之緩急次序及每日督課分科、分刻，及記分數之法，其章程皆歸總教習、分教習續擬。
學成出身詳細章程，應由總教習會同總理衙門、禮部詳擬。
各省、府、州、縣學堂訓章，應由大學堂總教習、總辦擬定，請旨頒示……
孫家鼐緊皺眉宇，搖頭歎息：總教習的權力還真夠大的呀。
第六章是“設官例”：
第一節 設管學大臣一員，以大學士、尚書侍郎為之，略如管理國子監事務大臣之職。
第二節 設總教習一員，不拘資格，由特旨擢用，略如國子監祭酒、司業一職。
第三節 設分教習漢人二十四員，由總教習奏調，略如翰林院五經博士、國子監助教之職。其西人為分教習者，不以官論……