可是，意大利仍不死心，七月二十二日（9月7日），薩署公使專程到總署交涉，要求負責接待的總署大臣張蔭桓立即向光緒皇帝轉達他們的抗議。遲遲未見結果時，他又於八月初八（9月23日）發來一個措詞更加嚴厲的《照會》：
新開學堂，華士學習西洋學課，今切不可廢置義文、免用義國教習。義國原屬近世學文之興起之國。萬國內法、天文、格致等類，均係義人開創。華人非不知其事。古時聘用出名義師如利瑪竇等人，勉力大利於中國興起學問，而不知此事者，便為老年傳教、並無學問之人，實未得歐洲開教之據。此人前次誤派同文館，因其無能，則同文館創設多年，至今並無成效之勢。茲又聞此人管理新設大學堂。查原編輯學堂章程者遺忘義國。本署大臣提及此誤，仍請總署管學大臣添改《章程》，……如不將外國大臣之請奏明，此事即違背大皇帝之諭旨，……不論精益求精，而竟倚仗在先之管理同文館者，甚懼將來仍係絕無成效。總署已接他館照會，便可知悉。北京洋人無不甚詫，因何中國專派斯人管理大學堂。其人雖莊嚴恭敬，而實無一能，何能管理大皇帝專心關係之事？”
這一照會，再次指名道姓地對丁韙良進行人身攻擊。
接到這個《照會》時，慈禧已在開殺戒，北京城時已陷入白色恐怖之中。孫家鼐卻大義凜然，接到總署轉來的《照會》第二天，他就義正詞嚴地答複：
查本大臣辦理大學堂，皆遵照貴衙門原奏章程，期於中外交涉語言文字相通而已，非必各國皆有教習也。且中外交涉者，共十餘國。若各國皆薦教習，貴衙門何以應之？仍請貴衙門斟酌回複可也。⑶
遙想當年，清政府“外戰外行、內戰內行”，對西方列強、東方“土豪”（日本）俯首帖耳，極盡諂媚之能事，孫家鼐卻在“新法悉罷，獨留家鼐為管學大臣，剛毅、徐桐嫉之，時相齒+奇齒+乞（yihe，意為陷害、傾軋）”⑷之時，為捍衛中國的主權，對列強的無理要求一再說“不”，其民族氣節、愛國情懷真是無需言表、可敬可佩！