八月十一日（9月26日），清廷以光緒皇帝名義下了第一道“複舊詔”：詹事府、通政司、大理寺等照常設立；時務官報無裨治體，徒惑人心，即行裁撤；各省祠廟毋庸改為學堂。
八月十四日（9月29日），清廷宣布康有為、譚嗣同等“前日竟有糾約亂黨，謀圍頤和園，劫製皇太後，陷害朕躬之事，幸經覺察，立破奸謀。又聞該亂黨私立保國會，言保中國，不保大清，其悖逆情形，實堪發指”等罪狀。由於袁世凱的告密，使“戊戌事變”的事態進一步擴大，搜捕、迫害進一步加劇。
八月二十四日（10月9日），清廷宣布“天津、上海、漢口各處，仍複報館林立，肆口逞說，妄造謠言，惑世誣民，罔知顧忌”，予以禁止，“其中主筆之人，率皆斯文敗類，不顧廉恥，即飭地方官嚴行訪拿，從重懲治，以息邪說而靖人心。”並明白宣示：“嗣後鄉試、會試及歲考、科考等，悉照舊製，仍以四書文、試帖、經文、策問等項分別考試。經濟特科易滋流弊，並著即行停罷，……典試諸臣及應試士子，務當屏棄浮華，力崇正學，毋負朝廷作育人才之至意。”
八月二十六日（10月11日），太後下達“懿旨”，禁止所有民間社團，“其設會房屋，封禁入官。”
九月十六日（10月30日），慈禧宣布同意大臣奏請，武科恢複舊製。“八股取士，其可笑極矣。至於武試用刀弓石，尤為可笑，實以武事為兒戲耳。”（梁啟超語）
複辟氣氛日益猖狂，一時間，京師內外風聲鶴唳，人人談“西學”而色變。九月十八日（11月2日）的《國聞報》報道，刑部主事張元濟被革職後，其創辦的通藝學堂“無人接辦”，師生“風流雲散，不知去向”。更有趣的是以下這段話：
……聞近月以來，凡都中士大夫有談及西學新法者，同寮之中均聞而卻避。蓋恐人指之為康黨，以致羅於法網。故自同文館以外，竟無人再敢言聲光化電之學，念愛皮西提之音。