但是，京師大學堂是戊戌變法的“天字第一號”，也是“戊戌事變”後僅存的重要維新成果，頑固派豈能看著她一天天成長、壯大？光緒二十五年一月二十五日（1899年3月6日），《北華捷報》報道說：
京師大學堂現有160多名青年學生，大多數為舉人和秀才，他們被分班學習英語、法語、德語、日語和俄語。自從大約兩個多月前，光緒皇帝這個重要的維新改革項目得以實現以來，至少有慈禧太後身邊的兩名高官用嚴厲的口吻對大學堂進行了詆毀。他們分別是禮部尚書啟秀（滿人）和兵部尚書徐郙。雖然慈禧想以這些詆毀為借口來關閉大學堂，但她身邊一些更為明智的顧問，如榮祿和慶親王等，力勸她不要以此進一步觸犯臣民和外國公使。
更讓孫家鼐感到氣惱的是，他親自挑選的中學總教習許景澄也不太理解他的苦衷，笑話他：“孫公辦學堂，太偏於理學。”許景澄於1885年出使法、德、意、荷、奧五國，次年又兼任駐比利時公使，至1887年以母憂回國。1890年，又出任駐俄、德、奧、荷四國公使，直至1898年回國。兩次出使，長達13年，成為清末重要的外交官。當時，在中國傳統的“華夷之辨”思想束縛下，外交官都被視為服侍外人，而為國人所不齒，許景澄的行動在當時是相當進步的。1898年，他擔任總署行走，並兼禮部右侍郎，後來又轉為左侍郎。在歐洲多年，他以歐洲的大學標準來要求京師大學堂，顯然有些苛刻。孫家鼐專門找他談話：儲才之道，尤在知其本而後通其用。臣於來堂就學之人，先課之以經史義理，使曉然於尊親之義，名教之防，為儒生立身之本；而後博之以兵農工商之學，以及格致測算語言文字各門。“學成卒業之法，溥通學既熟，但專精一門既可入榖，其得舉人進士也較易，其弊也則在於徇情濫舉。今將通用科場考試，則學堂肄業諸生，必將分心於博覽，無以致專一之功，於專門學業，恐有窒礙。將不用考試，則學堂出身，誠恐弊流於冒濫。擬請嗣後科場考試，仍照張之洞所奏，六月初一日所奉諭旨辦理。而學堂卒業諸生，果能屢試優等，學堪致用，即予以生員舉人進士之名。仿唐人分科舉上之例。習化學者名曰化學科舉人、進士，習算學者名曰算學科舉人、進士，推之各科，皆冠以專門之名。將來何項需人，皇上即按所習之科采擇錄用，如此則學堂之士，可以爭自濯磨矣。”⑶辦任何事情，都要考慮可行性，注重動機與效果的統一。現在這種時局下，太偏重西學，肯定會遭到非議，甚至是好心辦壞事，為大學堂引來滅頂之災啊。