光緒二十五年三月二十七日（1899年5月7日），大雨傾盆。管學大臣的辦公室內，孫家鼐正在與許景澄、丁韙良一起研究課程調整。他知道，課程設置的科學合理，則學生學以致用，事半功倍。他很讚賞同鄉吳汝綸的見解：“人無兼材，中西勢難並進，學堂自以西學為主。他處名為西學，仍欲以中學為重，又欲以宋賢義理為宗，皆謬見也。”現在，京師大學堂立足初穩，各種攻擊稍微平息，他便開始著手改進課程設置。經過一番討論，三人形成了共識：《京師大學堂章程》原設計普通學為十門功課，按日分課教授。但門類太多，中等水平以下的很難兼顧。擬每門各立子目，仿專經之例，多寡聽人自認。至理學可並入經學為一門。諸子文學皆不必專立一門，子書有關政治經學者附入專門，聽其擇讀。調整之後，不動聲色地使西學的分量得以加強。