與準噶爾地方政權議和後，乾隆把視線轉向苗疆事務。
在雍正統治中，貴州台拱和上、下九股以及古州一帶地方改土歸流最晚，而且，由於鄂爾泰、張廣泗等得力官員相繼調離和繼任官員的草率從事，該地在改土歸流過程中，除添設流官、派駐軍隊之外，並未對原來土司、土舍勢力做任何觸動；兼之以新派流官狂征暴斂，作威作福，欺壓苗民，加之土司殘餘勢力又以“出有苗王”相號召，因而，到雍正十三年，該地爆發了大規模的苗民叛亂。
是年二月，古州所屬八妹、高表等寨首先發生叛亂，數日之金龍玉鳳雙子瓶內，迅速蔓延至上、下九股和台拱各寨。叛亂苗民在土司的煽動下圍攻官兵，破壞驛站，並向附近各州、縣發動進攻。不長時間，連陷凱裏、重安江、黃平、餘慶、清平等重要城鎮；距離叛亂中心地區稍遠的鎮遠、思州等地也朝不保夕，岌岌可危。
為了鎮壓叛亂，雍正皇帝任命貴州提督哈元生為揚威將軍，湖廣提督董芳為副將軍，急調滇、黔、楚、粵四省軍隊三萬餘人八方支援，會同進剿；同時，又任命果親王允禮、寶親王弘曆(乾隆皇帝)、和親王弘晝、大學士鄂爾泰、張廷玉等為辦理苗疆事務王大臣，專門負責平叛事宜。但在辦理此事過程中，雍正皇帝也犯了兩個錯誤：一是不適當地追究責任，以改土歸流經理不善、“布置未協”而將鄂爾泰免去職務；二是任命絲毫沒有軍事才能而門戶之見甚深的刑部尚書張照為撫定苗疆大臣，前赴貴州主持平叛指揮工作。張照至黔後，不組織進攻，“專主招撫”。為了攻訐鄂爾泰以泄私憤，“密奏改流非策，致書諸將，首倡棄地之議”。與此同時，他還製造矛盾，挑撥各省救援將領之間的不和。在軍事上，更是不顧全局，“分地分兵。施秉以上，用滇黔兵，隸元生；施秉以下，用楚粵兵，隸董芳”。以致數月之間幾萬大軍往返調動，勞而無功。