在阿睦爾撒納叛亂基本平定之後，為了統一天山南路，從乾隆二十三年(1758)到乾隆二十四年(1759),乾隆皇帝又揮師南下，進行了平定大、小和卓木叛亂的戰爭。
長期以來，天山南路一直是回族人民的世居地。該地人民大都以務農為生，信仰伊斯蘭教，與準噶爾地區部民在民族、宗教信仰上和謀生手段上各不相同。明末清初，準噶爾地區政權興起，並將天山南路回部各城也置於自己的控製之下。其宗教首領阿布都什特、瑪罕木特、布拉呢敦、霍集占等人先後被拘禁於伊犁，廣大回族人民還要向準噶爾政權按年交納數額甚巨的貢賦。清朝政府出兵平定準噶爾叛亂，使得回部各城擺脫了準噶爾政權的控製。達瓦齊叛亂平定之後，根據乾隆皇帝的指示，清軍即將長期被拘禁的回族宗教領袖大和卓木布拉呢敦釋歸南疆，使其安撫回部各城。布拉呢敦之弟、另一宗教領袖小和卓木霍集占則仍留於伊犁，統轄當地回人。不久，又先後派遣侍衛托倫泰、副都統阿敏道等人前往回部，曉諭諸城歸順清王朝。與此同時，還決定減輕回部各地人民交納的貢賦。在清朝政府政策的感召下，受廣大回族人民要求統一願望的推動，布拉呢敦釋歸之初，一度表示服從清朝政府的統治。另一宗教首領霍集占雖然被脅迫參加了阿睦爾撒納叛亂，但在清朝政府出兵平叛時，也乘機反戈，率領所屬回族軍隊攻打阿睦爾撒納，並於此後不久返回南疆。同時，他們還先後三次派遣使者到清軍營中，“探聽大兵抵伊犁信息，欲來投誠”。這些情況表明，廣大回族人民渴望在擺脫準噶爾控製之後回到祖國懷抱，渴望在清朝中央政府的統一領導下加強團結，共同進步。然而，由於以霍集占為首的一小撮回族上層分子的阻撓，廣大回族人民的這一意願當時未能實現。