西太後依靠手中掌握的至高無上的權力，強行囚禁了光緒皇帝，宣布天下，從此由她親自，又惡狠狠下令向維新人士“開刀”,以此表明她發動的戊戌政變大功告成。
在清廷宣布西太後“訓政”的次日(9月22日),步軍統領衙門奉命派出的大批武裝“官弁”,在紫禁城、西苑與頤和園等處加強了防範，並對維新人士大肆搜捕。
這時的清廷，掀掉了全部期文的麵紗，采用高壓政策，對維新人士和支持及參與過變法的官員展開了大規模的殘酷鎮壓，並大搞“連坐”,致使一些關心國家興衰的人驚恐萬分，坐臥不寧。與此同時，又開始向光緒帝推行的變法新政展開了全麵的反攻倒算。
這期間，已經被迫先後出逃的維新派領袖康有為、梁啟超，被列為“首犯”到處查拿。其他維新之士和一些曾支持或與變法有過某種聯係的各級官員，除康廣仁已下令被捉拿、宋伯魯被革職之外，譚嗣同、林旭、劉光第、楊銳、楊深秀、徐致靖、李端菜及陳寶箴、張蔭桓、王錫藩、張元濟等一大批人，亦先後被逮捕、被革職、被流放、被查抄。
甚至，早在變法之前已被革職逐出北京的原帝黨官員文廷式，也被清廷命劉坤一等將其逮捕並常至北京，還要大加其罪。
從而，整個京師頓時陷入一片恐怖之中。
從政變之後，西太後凶殘暴虐行徑，已在廣大官民之中“議論紛騰”,使“民情，頗覺惶惑”。因此，西太後在大肆搜捕維新人士和愛國官員的過程中，又以光緒帝頒諭自省的方式，企圖緩解日益浮動的“民氣”,以求穩住政變後的局麵；又以光緒帝的名義廢除新政的一些主要改革措施。在其中特別強調，已被光緒帝裁並的詹事府、通政司、大理寺等衙門“照常設立，毋庸裁並”;時務官報立即停辦；嚴禁士民上書等。