天命十一年(1626),努爾哈赤寧遠兵敗，是他起兵至今受到的最大一次挫折，他為此心情沮喪，同時也為這時的國家大事擔憂。《清太祖武皇帝實錄》三月三日，記載他的引咎之言：
吾思慮之事甚多，意者朕心倦情而不留心於治道歟?國勢安危房情甘苦而不省察歟?功勳正直之人有所顛倒歟?再慮吾子嗣中果有效吾盡心為國者否?大臣等果俱勤謹於政事否?
他在晝夜殫思，稽省治策的失措，後金的困難，諸申的煩苦，忠奸的倒衡，臣吏的怠絀，子嗣的繼任等問題。努爾哈赤既在思索寧遠之敗的教訓，又在籌慮身後軍國的大計。但百思不得其解，陷於悶苦之中。
努爾哈赤為掩飾寧遠兵敗的鬱悶，重振士氣，把將士的不滿引向蒙古，以其背棄“若征明與之同征，和則與之同和”的盟誓，興師問罪。四月初四日，他率領諸貝勒大臣統兵西渡遼河。前鋒軍射死蒙古喀爾喀巴林部葉赫巴圖幼子囊努克。努爾哈赤派大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰、四貝勒皇太極以及濟爾哈朗、阿濟格、嶽酰等統兵往西拉木倫河，獲勝而歸。五月二十一日，蒙古科爾沁奧巴貝勒來沈陽，他出城十裏升帳迎接。但後金汗努爾哈赤這兩次重大軍政活動，《滿文老檔》缺載。看來，這時努爾哈赤或傷創未愈，或患病在身，抑或兼而有之。
勞師遠襲和奧巴歸順，這都不能排解努爾哈赤因寧遠兵敗而潛鬱在心靈深處的悲苦。久經疆場、攻無不克的後金汗，竟然會輸給一名初曆戰陣、嬰城孤守的袁崇煥?努爾哈赤思索、慚赧、痛苦、焦躁，食不甘味，寢不安眠，肝鬱不舒，積憤成疾。努爾哈赤創傷未愈，癰疽突發，他於七月二十三日往清河湯泉沐養。八月初一日，派二貝勒阿敏殺牛燒紙，祈禱神佑，但毫無效果，病勢危重，尋乘船順太子河回沈陽。