在廢掉中宗皇帝的第二天，李隆基的父親豫王李旦就被立為皇帝，是為睿宗。睿宗時年二十三歲，是太後最小的兒子。龍朔二年(662)六月生於長安，當年封為殷王，遙領冀州大都督、單於大都護等職。待其長大，為人謙恭孝友，喜好讀書，擅長草隸，特別酷愛文字訓詁之書。乾封元年(666),改封為豫王。
睿宗雖然繼了帝位，且年富力強，但隻能居於別殿，不許過問政事。武太後雖然是年逾花甲的老太婆，卻精神嬰鑠地臨朝稱製，一切政事全由她大包大攬，獨斷專行。
對於這樣的怪事，睿宗心裏有說不出的淒苦。他已經意識到了母後擁有至高權力的欲望，他從兄弟的不幸遭遇中得到了深刻的教訓。這年三月，太後又派左金吾將軍丘神劫前往巴州李賢幽閉之所，名為加強保衛，實際上卻是去暗害他。李賢被逼自殺，太後卻歸罪於丘神劫。
為了怕別人看出真相，她還大聲哀哭，假惺惺地在洛陽顯福門隆重地舉辦喪事。四月，把廬陵王李顯遷往均州，不久又遷往房州(治今湖北房縣),被長年幽閉起來。
這些事件，不能不使這位新即位的皇帝不寒而栗，也迫使他處事圓滑，與世無爭，甘心受母後的擺布，安分守己而又惴惴不安地做傀儡皇帝。史稱：“自則天初臨朝及革命之際，王室屢有變故，帝每恭儉退讓，竟免於禍。”
睿宗，逆來順受，對太後最終登上大寶之位不會構成什麽威脅，但是唐宗室諸王公及傾心於李唐皇室的將相大臣卻無法坐視不理。太後專擅朝政，覬覦皇位，引起了唐宗室與一些大臣的不滿。這年九月，李劫之孫徐敬業於揚州起兵。
徐敬業打著匡複皇室的旗號，興勤王之師，還是頗有號召力的。因此在幾天之內，就很快地聚集了十餘萬人。武後急忙命左玉鈐衛大將軍李孝逸率三十萬大軍前去鎮壓，並下詔剝奪徐敬業祖父官爵，複本姓徐氏。李孝逸用了一個來月的時間才鎮壓了這次起兵。