康熙二十二年(1683)四五月間，台灣鄭氏獲悉施琅將乘南風進征澎湖，就從各方麵加緊強化澎湖的軍事防禦。他們選拔精壯士兵做骨幹，抽調草地佃丁、民兵參加軍伍，將洋船改為炮船，要文武官員所有私船盡行修整，先後調集大小炮船、鳥船、趕繒船、洋船、雙帆船船共二百艘，軍兵二萬餘眾，由劉國軒統率奔赴澎湖。同時在澎湖的娘媽宮嶼頭上下、鳳櫃尾、四角山和雞籠山等地，添築炮城，又在東西蒔內、西麵內外塹、西嶼頭以及牛心灣山頭頂各處，構築炮台。凡是小船可以登岸的沿海二十餘裏的地方，盡築短牆，安置腰銃，分別遣兵丁死守。鄭氏決心在澎湖同清水師決一死戰。
是年六月，施琅率領大隊舟師齊集銅山，大會各鎮協營守備千把等隨征諸官，部署出征澎湖。當月十四日早上，施琅統率舟師從銅山開駕東征，次日下午，到達澎湖的貓嶼、花嶼。時有守汛的鄭軍哨船數十多隻，急忙返回娘媽宮，飛報劉國軒。時已天曉，施琅即令船隊灣泊八罩、水按澳。
劉國軒聞報，忙差部下持令箭與右先鋒鎮陳諒，著其嚴督陸路諸將謹守，並遍傳獅嶼頭、風櫃尾、雞籠山、四角山、內塹、外塹、東蒔等各鎮將，速移火炮火煩羅列海岸，橫截攻打，勿使清水師灣泊寄腱。與此同時，他傳集水師總提調右武衛林煩率各鎮營速駕大煩船、鳥船、趕繒船環泊娘媽宮前口子與內外塹東西蒔各要口守候。當時鄭將邱輝向劉國軒建議，待晚上潮落，請速遣船隊襲擊，清水師必定自然潰散。劉國軒帶著輕蔑的口氣笑著說：“施琅徒有虛名耳!今當此日日颶報之期，敢統舟師越海征戰，如夜風起，彼無焦類矣!此乃以逸待勞，不戰而可收功也，諸公勿慮。"
當月十六日，施琅率舟師進攻澎湖。劉國軒坐快哨如飛，於娘媽宮前澳內督率諸鎮領著煩船、戰船、趕繒船排列迎戰。清水師署右營遊擊藍理、曾成，副鋒右營千總鄧高等，擊沉敵船七八隻。時值南潮正發，前鋒數船被激流衝擊，逼近鄭方炮城，鄭水師乘機結成大隊合圍攻打。施琅被流炮餘炎燒著麵部，右眼受傷跌倒，強起指揮。藍理在酣戰中被流炮擊中，腹部受傷嚴重但仍繼續戰鬥。裨將等忙舍戰急救，時清興化鎮總兵吳英繼後夾攻，施琅冒死指揮，鄭軍水師總督林陛連中三箭，左腿被大炮打折，鄭楊威將軍援剿左鎮沈誠、統轄前鋒鎮姚朝玉、戎旗鎮陳時等均被焚殺。鄭將江勝、邱輝等複督煩船合攻，清水師撤退，江勝、邱輝等揮船尾追，劉國軒恐二將會遭清水師暗算，急忙鳴金收兵。邱輝等回師，立即向劉國軒提出自願領兵夜襲，劉國軒說：“彼舟師所寄泊按嶼都是沒有遮攔的海澳，又係石淺礁線，早晚風起，定不戰而自潰。俗語說六月三十日有三十六暴，今日乃十六，十七、十八、十九，就是觀音暴、洗蒸籠暴，那裏會沒有暴風呢?我們暫且養精蓄銳，拒險守險，以觀其敗。”