由於立儲的失敗，給康熙皇帝的晚年帶來了無限煩惱和憂傷。他日夜不安，費心勞神。身體病弱，健康狀況越來越不如前。
康熙皇帝自康熙四十七年(1708)九月廢太子起，因傷心過度，大病一場。從此疾病纏身，日漸衰老。到康熙五十一年，須發盡白。康熙五十三年，被胤裸氣得“心悸幾危”。康熙五十四年，右手不能寫字，隻好用左手寫朱批。康熙五十五年初，膀子覺有微痛，左手連背都不大好使。康熙五十六年夏天又病，冬天腿腫得下不了床，心神恍惚，身體虛憊，動轉非人扶掖步履難行。康熙五十七年二月明顯羸瘦，步履猶難；稍微早起，就“手顫頭搖，觀瞻不雅”,遇到心跳過速時，“容顏頓改”。同年四月，雖說比前大安些，但走動還須人扶掖。自康熙五十八年以後，雖然病情略有好轉，但手腳仍不夠靈便。去木蘭圍場及南苑行圍，已不是騎馬，而是乘坐四人抬的轎子。並且仍然病不離身，康熙六十年四月身體已經“違和”,仍於十六日前往避暑山莊。五月初旬又複著涼，病情加重，之後，稍行動或多說話便不勝倦乏，確實已是風燭殘年。
康熙皇帝於康熙六十一年四月十三日至九月二十八日去熱河避暑，並到木蘭圍場行圍。剛剛回京不久，又在十月二十一日赴南苑狩獵。由於圍獵十分辛苦，淩晨四時吃早飯。黎明前即一切準備就緒；行圍時追逐野獸，也難免奔波勞累；加上入冬以後氣溫驟冷，以至於堅持半月之後，於十一月七日突然病倒，不得不返回暢春園。據《永憲錄》記載，康熙皇帝於八日宣布：“偶患風寒，本日即透汗。”另據耶穌會教士透露，康熙皇帝症狀是寒顫和發高燒，很像是重感冒，後引起並發症，於十三日戌刻(晚七至九時)去世。從七日病重，到十三日，七天的時間調治護理，還算不得猝死；沒發現意外情況，應屬於正常病故。