秦陵考古隊在經過了8個月的風起雲湧、大喜大悲之後，隨著將軍俑頭案的爆發而宣布夭折。又經過了一陣的喧嘩與**，陝西省文物局從文物安全保衛方麵考慮，同時也為了便於工作，報請國家文物局批準，將秦陵考古隊的部分人員如王學理、屈鴻鈞、程學華等人的組織人事關係留在省考古所，其他的人員從1988年10月起重新組成秦陵考古隊，由袁仲一出任秦俑博物館館長兼考古隊隊長，吳永琪、張仲立、張占民擔任副隊長（後為劉占成），考古隊直接隸屬於秦俑博物館領導。
劉占成帶領考古隊員在重新開啟的坑中測量出土陶俑（張天柱攝並提供）
這支新組建的考古隊，經過一段時間的準備，於1989年春對已回填的三號兵馬俑坑進行了第二次考古發掘清理。經過幾個月的努力，發掘清理工作大功告成，除清理出66件陶俑和一輛戰車外，還獲得了許多重要資料，其中包括十多萬字的文字記錄和幾千份圖紙、照片和拓片等。這些考古資料對全麵認識整個秦俑坑、完整地向人們展示秦俑坑的全貌發揮了重要作用。1989年9月27日，三號俑坑在隆重的儀式中宣告正式對外開放。
自1990年春開始，秦陵考古隊又組織人員對一號坑東端前五方底部所留的考古遺存進行了細部清理。為了進一步給觀眾提供更多的展覽內容，讓遊人更直接地感受秦俑坑整體氣勢的宏偉，考古隊對原留的部分地層土台和探方間的預留隔梁進行了清理。就在這漫長的細部清理中，考古人員共處理各種遺跡四百餘處，提取入庫文物約七千七百六十件。至1993年8月，一號坑發掘清理的考古工作暫告一個段落，工作重心轉入二號坑。
秦始皇陵園內外城遺跡分布平麵示意圖
由於此前所敘述的各種複雜的原因，兵馬俑坑的發掘一直在發掘——停止、停止——發掘——再停止這個怪圈中打轉。因而，在相當長的一段時間內，秦俑博物館所展示給觀眾的隻有三號坑和一號坑的部分兵馬俑的雄姿，二號坑遲遲沒有向觀眾開放，號稱八千之眾的兵馬俑群，仍有大部分在短暫的麵世之後又被迫重新埋入三尺黃土之下。那氣勢磅礴、恢弘雄壯的軍陣；那奧妙無窮、深不可測的軍事戰略戰術；那精美絕倫、蓋世無雙的整體雕塑藝術群，都無法讓慕名而來的觀眾親眼目睹，也無法讓研究者作更加深入的了解和全麵的探究。種種原因和現象，給這裏的考古工作者和管理工作者所帶來的遺憾與前來觀光的遊客及不同學科的研究者是相同的。麵對這諸多的遺憾，陝西方麵為二號坑的再度發掘曾作出了不懈的努力。在經過中央和地方的一番漫長的關係調整、理順後，1994年3月1日，經國家文物局批準，秦俑二號坑才得以發掘。