從1898年到上海至1906年其間，王國維以攻讀哲學為主，研究了康德、叔本華、尼采兼英法諸家，結合先秦諸子及宋代理學，又攻西方倫理學、心理學、美學、邏輯學、教育學等。他自稱這一時期為“兼通世界之學術”之“獨學時期。”
剛開始接觸哲學，王國維覺得康德的著作艱澀難懂，於是便把目光轉向了另一位哲學家——叔本華。在叔本華的著作裏，經常出現闡述康德學說的影子，叔本華自認為是康德哲學思想的繼承人，在德國哲學眾多大師當中是傾向康德學說的。同時，叔本華對於哲學也擁有自己的見解，他認為“人的意誌是自己可知的”，對於康德的“物自體不可知論”持反對態度。叔本華以其思想的洞察力及文筆的一針見血，贏得了王國維的欽慕。
他在《靜庵文集》的《自序》中說：“自癸卯之夏以至甲辰之冬，皆與叔本華之書為伴侶之時期也。”此外他還在《教育世界》上刊登了《叔本華像讚》、《叔本華之哲學及其教育學說》、《叔本華與尼采》等文章，對叔本華哲學給予極高的評判。叔本華的學生尼采，同樣以一脈相承而又青出於藍的思想引起了王國維極大的興趣。在研究哲學期間，王國維也寫下了一係列哲學和與哲學有關的論文，他還在這三位哲學家之間進行比較，求索他們互相之間的學術淵源以及異同。康德、叔本華、尼采唯心主義哲學構成了王國維思想體係的核心組成部分，他逐漸形成了自己的世界觀。
縱觀王國維的一生，不難發現，他無論是在評文論學，還是為人處事上都與此密切相關聯，就連最後的跳河自盡都帶著濃烈的“悲觀主義哲學色彩”。
1904年，在那個將眼光看向世界的時代，王國維走在了思想的前端，他是近代曆史上將叔本華和尼采介紹到我國來的第一人，除了強調兩位哲學家在文學上的非凡造詣之外，他還著重指出了這兩大偉人的主要目的是在於“破壞舊文化而創造新文化”。王國維青年時期在哲學上成年累月地勤勉耕耘，然而學涯是永無止境的，各個學科之間相互交錯縱橫，王國維的目光當然也不會隻限於哲學。