1965年11月10日，上海《文匯報》發表姚文元的文章批判吳晗《海瑞罷官》，揭開“**”序幕，隨後紅衛兵運動風起雲湧，席卷了神州大地。目盲足臏但心靈極其敏感的陳寅恪預感到自己即將大難臨頭，難逃羅網。於是寫下《丙午春分作》，道出了自己末日來臨的心境：
洋菊有情含淚重，木棉無力鬥身輕。
雨晴多變朝昏異，晝夜均分歲序更。
白日黃雞思往夢，青天碧海負來生。
鄣羞茹苦成何事，悵望千秋意未平。
果不其然，1966年7月，在大鳴、大放、大字報、大辯論的“四大”聲浪中，中山大學的“革命者”聞風而動，開始造起反來。霎時，整個校園內雞飛狗跳，大字報鋪天蓋地。陳寅恪也由原來的“走資派”“資產階級反動學術權威”，變成“牛鬼蛇神”“封建餘孽”“死不改悔的走資派”，同時被指斥為大肆揮霍國家財產的“罪魁禍首”。
麵對來勢凶猛的征討攻伐和加在自己頭上的一連串罪名，有一天，陳寅恪突然問助手黃萱“反動”二字如何解釋，黃萱無以回答。對此，黃萱回憶說：“可見當時所謂的‘革命行動’，連博通今古的陳先生，也莫名其妙，何況他人！這怎能不使國內的愛國知識分子為之一哭！”隻是，對陳寅恪來說，能“為之一哭”已是極大的幸運，很快，他將連一哭的機會和能力都不具備了。
在神州鼎沸，子夜唯聞唱鬼歌的陣陣呼嘯聲中，陳寅恪的三位女兒被發配到外地勞動改造，跟隨陳寅恪多年的助手黃萱被造反派趕走，一直照顧陳寅恪夫婦的護士被撤除，陳寅恪工資停發，個人存款被凍結，並以中山大學“特號反動權威”之罪被批鬥。可憐兩位老人一個目盲足髕，一個體弱多病，因生活無著，隻得寫“申請書”上呈學校黨委，請求恩賜。