在清華風雨飄搖之際，梅貽琦臨危受命，成為新一任清華校長。
有道是三年不飛，一飛衝天；三年不鳴，一鳴驚人。梅貽琦在海外悄然無聲地蟄伏、隱忍了三年之後，終於迎來了展翅騰飛、一鳴驚人的曆史契機。
1931年，梅貽琦42歲，正值年富力強的黃金時期，回顧往昔歲月，清華園風雲變幻，多少英雄才俊在此聚首，又走馬燈一樣的離別散去。曆史的風雲聚會，終於把他推向了校長的位子。
既然曆史在前行的一個夾縫中選擇了梅貽琦，他自當責無旁貸地承擔起曆史賦予自己的使命。然而，重返清華、在地位上今非昔比的梅貽琦，麵對的第一件事就是“校長治校”還是“教授治校”，這個選擇是關係著他本人以及清華前途命運的根本問題。
遙想1926年4月，《清華學校組織大綱》出台時，有過這樣的幾條規定——
（一）本校設評議會，以校長、教務長及教授會互選之評議員七人組織之。校長為當然主席。
（二）本校設教授會，以全體教授及行政部各主任組織之。由校長為主席，教務長為副主席。其職權為選舉評議會及教務長。
（三）本校設教務長一人，綜理全校教務。由教授會選舉之，任期二年等等。
就是在這一年，37歲的梅貽琦眾望所歸，被教授會選舉為教務長，一躍躋身清華高層之列，成為清華園師生矚目的海歸教授集團的中堅人物。可惜好景不長，羅家倫執掌清華權柄，《組織大綱》被視為敝履棄於垃圾堆，代之而興的是另一套校長專權、任人唯親的方式方法，如此倒行逆施，終於引爆了院長聘任問題與教授會發生衝突，直到引發學潮，羅家倫掛冠出校。
羅家倫灰頭土臉地離去，南京國民政府加強了對清華的打壓與控製。1929年6月12日，教育部在1928年9月頒布《條例》的基礎上，再度修訂通過並頒布了更加嚴密、詳細的《國立清華大學規程》，其中不僅明確規定了國立大學校長職務必須由教育部部長提請國民政府任命，而且使校長的權力比羅家倫時代更加寬泛廣大，所有的人事大權幾乎全部操控在校長一人手中。