自1939年1月起，因大部分沿海國土、港口、碼頭淪陷，國民政府財政部海關收入的十之九被日本扣留。在此艱難處境中，政府撥給教育界特別是後方高校的經費銳減，西南聯大校方當局頓時感到壓力劇增。原本想依靠清華庚款接濟一時，緩一口氣，想不到大雪之後便是霜凍，國民政府決定清華庚款債款原為關稅擔保者一律停付，致使清華常年經費落空。
這一變故，1932年3月至1933年2月曾經有過先例，搞得剛剛執掌清華校柄、正準備大幹一番的梅貽琦極為背動，經多方周旋交涉，財部撥墊款項，才使得事業勉強繼續。而如今，當年的一幕再度重演，但國際國內環境已大為不同，國內的情形已到了國破家亡的最後關頭，國際對中國的支持與同情尚未顯出端倪。
麵對日軍越來越強橫、殘酷直至趕盡殺絕的侵略行動，梅貽琦在告清華校友書中嚴正宣示：“此次政府之出此，其困難必更甚於前。但學校的各項事業，同人夜以繼日的努力，都是國家抗戰後方重要工作的一部分，而在建國因素中，尤不可廢棄，所以我深信，政府當局，肯定會有維持的辦法。”
與此同時，梅貽琦勉勵聯大師生正視嚴酷現實，處變不驚，體諒政府困難的同時要設法自強自立，與軍民攜手共渡難關，迎接抗戰的最後勝利。果然如他預料的一樣，沒過多久，行政院準令財政部與中基會等對清華撥墊款項，以維持清華研究院與關乎國家科技戰略的五個特種研究所事業不致中斷。
當臨時大學由長沙撤往昆明後，梅貽琦與清華教授會相商，除把學校原設的農業研究所、航空研究所、無線電研究所等三所次第遷滇外，又因地方與時勢需要，於1938年在昆明添設國情普查及金屬學二所。前後設立的五個研究所共同組成了一個“特種研究事業委員會”，由葉企孫任主席，各研究所均有一流人才擔任所長，在短時期內取得了令人矚目的成就。