1940年7月，為了徹底切斷中國僅存的一條國際通道，日本軍隊直接出兵強行占領法屬印度支那越南，不僅切斷了滇越鐵路，而且由於距離縮短，使得昆明的轟炸更加頻繁，轟炸範圍由城裏擴大到昆明郊區。
與此同時，日軍開始組織精銳部隊向雲南境內進犯，處在硝煙炮火中的雲南人民與流亡到昆明及周邊地區的各機構、單位、學校，全麵置於敵人的轟炸範圍之內，西南聯大自然也不能幸免。
梅貽琦作為常川駐校的常委會主席，也要隨師生一起跑警報，而且在奔跑途中還要盡掩護督促之責，如親曆者陳岱孫所說：那時候經常有警報，而“一有警報，我們就往後山跑，上墳堆裏去。飛機來了，就趴在墳堆裏看著下炸彈，下了炸彈以後飛機飛走了，我們才站起來。那時候，張伯苓校長在重慶，蔣夢麟也經常到重慶去，有時也在昆明，但是很少參與學校的事情。梅校長就是那個時候的校長，盡管名義上是常委。他經常每天辦公，警報一來，也跟學生一樣一起往後山跑，飛機來時，跟學生一樣趴在學生身邊。所以當時，學生看起來，梅校長是很親近的”。
除了親近，梅貽琦更多是保持了臨危不懼、先人後己的君子風範，而這個形象給女生留下的印象要比男生深刻得多。如聯大女生王遠定在許多年後仍記得當時的場景：“有一次在緊急警報後，來不及走避的同學，便集中在南院防空洞前，看見梅校長到來，當然請校長先行，而敵機已在空中機槍掃射，在這樣危急的情況下，校長仍堅持讓我們一個個先進去，自己殿後。長者風範，真令人欽仰。”
鑒於敵機對昆明的轟炸越來越凶，國民政府相繼下達指令，令國立西南聯合大學，國立同濟大學，國立中央研究院史語所、社會學所、氣象所，以及國立中央博物院籌備處等駐昆學校和科研機構，向滇境腹地和川黔一帶安全地區遷移。