作為戰時臨時組建的學校，西南聯大沒有選舉校長，而是采用常委製，由南開校長張伯苓、北大校長蔣夢麟、清華校長梅貽琦輪流當值。其中，張伯苓年齡最大、資曆最老，他深知聯大體製是一個混合物，而不是化合物，既聯合又獨立；如果三位校長都去負責學校管理事宜，言失事缺，某方麵顧及不周，就有可能出現差錯、誤會甚至矛盾，最後導致三人共同管理但誰也不肯出麵承擔責任的亂局，也就是中國俗話說的“一個和尚挑水吃，兩個和尚抬水吃，三個和尚無水吃”的尷尬局麵。
鑒於此情，張伯苓就將聯大管理權全部交付給蔣夢麟和梅貽琦二人，自己則留在重慶管理南開中學，偶爾來一次聯大，也屬於視察、慰問的性質。
張伯苓本是好意，沒想到卻因此造成西南聯大三校合作並不愉快的流言。為了消除誤會和隔閡，張伯苓特地來到昆明，召集聯大師生發表講話。
據當時的學生彭令占回憶：學校有時舉行朝會，大家清晨聽到鈴聲都要去參加。有一天，我去參加朝會，主席是梅校委，他的旁邊站著一位又高又大的大漢，穿了一件大褂，還戴著一副墨晶眼鏡，有同學悄聲說，他就是南開的張伯苓校長。梅校長講完，便介紹張校長給大家見麵，張校長一口濃重的北方話，說自己“是搞體育的，在運動場上，以裁判最有權威，裁判憑以計算時間的，是他袋中的表。我是南開的校長，我已經將袋中的表交給梅校委，他就是我的代表，大家要聽他的話，有人說聯大的負責人不能合作，這是絕對沒有的事”。隨後張校長又說“左邊站的梅先生是他的學生，右邊站的蔣先生是他的朋友，他身為常務委員雖然不常在昆明，但是有他的學生和朋友在昆明，他就安心了”。
張伯苓這番話，讓人想到抗戰初期他與蔣夢麟在長沙四十九標營房就是否適合學生居住而產生的爭論，這段令雙方不愉快的舊事雖然很快平息，但張伯苓在心中感到不舒服的同時，也意識到自己不能再以老資格與兩位年輕校長共同處理校中具體事務。所以，自那以後，張伯苓對於聯大事務很少過問，如果有涉及到南開本校的事物，也交給南開大學秘書長黃鈺生代辦。