1928年8月，當31歲的羅家倫佩戴著國民黨少將軍銜意氣風發地踏入清華園，出任新改製的清華大學校長後，研究院已是強弩之末，最後一屆隻招收了王璧如一名學生，加上原留院的學生共有16人繼續攻讀。全院事務隻靠陳寅恪一人勉力支撐，其辛勞忙碌，自不待言。
就在研究院風雨飄搖、大廈將傾的最後時刻，已出任中央研究院曆史語言研究所所長的傅斯年聞風而動，不失時機地向陳寅恪、趙元任二位導師拋出了橄欖枝。陳趙二人鑒於清華國學研究院前途的頹勢，兼有對曆史語言研究事業的摯愛與對未來的憧憬，很快做出了回應，表示願意接受傅氏之請，分別出任中央研究院史語所下設的曆史組和語言組主任。
不過，與趙元任略有不同的是，由於陳寅恪不舍得丟掉清華園這個與自己建立了血肉情感的學術陣地，此前雖答應了傅斯年出任史語所曆史組主任兼研究員，但並未立刻前往廣州赴任。當盛極一時的清華國學研究院解體之後，陳寅恪轉為清華大學中文、曆史兩係合聘教授，史語所一組的職務實際屬遙領性質，除人員聘請與研究課題等方麵親自操勞外，其他事宜並不過問。
這樣的格局未過多久，發生了一件對中國新史學創建具有劃時代意義的大事。正是這件大事，促使陳寅恪不得不拿出相當大的精力出麵予以周旋辦理，這便是中國學術史上著名的號稱【8000麻袋15萬斤清宮內閣大庫檔案】的“發見”。
檔案資料是記錄國家史實的重要文件，屬於國家高級機密。因此，各國曆朝曆代都極其重視檔案的收藏與管理，但是當曆史長河流淌到清王朝時，由於清王朝的祖先是催動鐵騎撞開山海關入主中原的，所以出於多方麵的考慮，統治者下令焚毀了大量明代檔案和許多入關以前形成的對清朝不利的老檔。後來根據政治形勢的需要，又不斷進行篡檔、改檔。越是如此，當朝的統治者就越擔心檔案泄密，也越發重視其收藏管理。對於各類國家檔案，當朝統治者規定，任何人都不得隨便閱覽，以至清內閣大庫檔案出現了“九卿翰林部員，有終身不得窺見一字者”的情形。