蔡元培為了實現革命理想，參加了暗殺、籌謀起義等革命活動。雖然努力，但革命成果並不顯著。對前途感到茫然的蔡元培去了德國留學還進入了萊比錫大學。
蔡元培在萊比錫的學習生活相當充實。現在在萊比錫大學的檔案資料室，還保留著蔡元培當時在學校裏聽課的資料——資料顯示他當時學習過的課程達到了四十多門，其中涉及到心理學、哲學、文學、文明史、人類學等廣泛領域；隻要課程之間的時間不衝突，蔡元培都積極參加，抓緊每分每秒來努力學習，認真程度也遠遠超過了一般人。
對於為何選擇如此眾多的新型課程，蔡元培在《自寫年譜》中解釋說：“我向來是研究哲學的，後來到德國留學，覺得哲學範圍太廣，想把研究範圍縮小一點，所以就專攻實驗心理學。我看那些德國人所著美學書，也非常喜歡。因此，我就研究美學。但美學理論，人各一說，尚無定論，欲於美學得一徹底了解，還須從美學史研究下手，要研究美術史，須從未開化民族的美術考察起……”這種因旺盛求知欲所產生的“滾雪球效應”，使蔡元培在德國的求學變得十分廣博。
在萊比錫大學的老師中，蔡元培最佩服哲學家、實驗心理學創始人馮德和曆史學家蘭普萊西，每學期都選修他們開設的課。他稱“馮德是一位最博學的學者”，其著作“沒有一本不是元元本本，分析到最簡單的分子，而後循進化的軌道，敘述到最複雜的境界，真所謂博而且精，開後人無數法門的了”。蘭普萊西是一位史學革新者，他在校內創設的文明史與世界史研究所，原本隻招收三四年級的學生，但當知道蔡元培是“清朝翰林”後破例招他入學。因此1910年至1911年，蔡元培除聽課外，還從事文明史與世界史的研究。
除了以上的這些課程門類，在美術和音樂方麵，蔡元培也得到了很大的收獲。萊比錫當地的美術館雖然大部分以圖畫為主，不及柏林等地的美術館資源豐富，但也有文藝複興以後的大家作品。當時美術館第三層將各國美術館收藏的名畫，用精致的照片按時代陳列的方式啟發了蔡元培，他考慮到以後中國如果開設美術館的話，除了本國作品也必須有外國名家作品才算完整，如果得不到實物的話，其實也可以采用照片的方式來進行陳列。