因為不滿袁世凱的專政，蔡元培辭去了教育總長一職。辭職之後的蔡元培加入了討伐袁世凱的大軍。
我們先來講講組建內閣的一位重要人物唐紹儀。他本身跟袁世凱是世交，也擔任過北方的代表。當時趙鳳昌推薦唐紹儀加入同盟會，經過孫中山和黃興的同意，他成為了南北方的中介人物。唐紹儀所組的內閣共十人，包括南北方的人員各五人。內閣建立後，袁世凱獨攬大權、行事專斷，不遵守《臨時約法》，民主革命仍然麵臨著重重困難。在內閣中南北方代表不僅沒有團結合作，還互相不對付；部門規劃也不合理，其中外交、陸軍、內政、交通這些重要的部門都由袁世凱身邊的親信擔任，其餘職位才輪得到孫中山的南方代表，南方代表想要有所作為可以說是難於登天。蔡元培身在其中，原以為隻要建立了民國就能實現共和政治，但事實並非如此，兩派互相牽製導致改革一事無成。這令他更能深深感受到專製與共和之間的深刻矛盾，非常失望，產生了離開的想法。
不久以後，唐紹儀因為跟袁世凱在直隸總督人選這件事上產生分歧，發生了爭執。事情是這樣的：組建內閣時，孫中山推舉王芝祥擔任直隸總督，當時袁世凱表麵上沒有反對，但後來卻遲遲不發表任命。唐紹儀再三催促，沒想到袁世凱其實另有打算，他派心腹馮國璋擔任直隸總督，改派王芝祥其他職務，還在毫無商量的情況下擅自頒發了委任狀。唐紹儀得知後憤然辭職，蔡元培等4名內閣成員也連帶辭職，在7月10日宣布了聯名辭職函。蔡元培一心追求政治民主，原以為內閣可以為國家開創一番新的格局，實際上卻發現理想和現實並不是一回事，再留在獨斷專行的袁世凱政府裏，已經毫無意義。這件事以後，有人在背後議論蔡元培是因為“鬧黨見而不顧及國家”，因此蔡元培還發表了《答客問》這篇文章，一五一十地陳述了事情的來龍去脈。