德皇斐迪南二世依靠天主教聯盟和西班牙的支持在波希米亞戰爭中取得勝利，使那些想通過支持德意誌新教聯盟插手德國事務的歐洲國家感到不安，他們不能坐視德皇權力正在恢複和增長的這一現實。
北歐強國丹麥在英、荷、法的暗中支持下（其中財政援助主要是荷蘭提供的），首先在1625年挑起了對德戰爭。30年戰爭由此進入第二階段，即丹麥戰爭時期（1625-1629年）。
1625年初，丹麥國王克裏斯蒂安四世親率大軍侵入德意誌西北部，並得到那裏一批新教諸侯的軍事策應。與此同時，由曼斯菲爾德率領的一支英軍由西南進占波希米亞，特蘭西瓦尼亞的新教選侯卡博爾率軍從東麵向奧地利和巴伐利亞進攻。為了有效地組織抵抗，1625年4月，斐迪南二世任命波希米亞大貴族、富有軍事和政治才幹的華倫斯坦為皇家軍隊總指揮，梯利將軍統帥的天主教聯軍將配合行動。1626年4月，華倫斯坦的皇家軍隊在德紹擊敗了曼斯菲爾德的英軍。梯利的聯軍也於同年8月，在德意誌的西北部擊潰了克裏斯蒂安四世的丹麥軍隊。
華倫斯坦獲得戰場主動權後，舉兵向德意誌北部推進。為了達到控製波羅的海出海口的戰略目的，1626年他率軍占領了波美拉尼亞和梅克倫堡，1627-1628年間又從丹麥手中奪回了漢薩同盟時期的重要港口維斯馬和羅斯托克。至此丹麥已完全失去它在德意誌的立足之地，不得不在1629年簽訂呂貝克和約退出戰爭。
呂貝克和約規定，丹麥將終止一切幹涉德意誌的行動，同時保證了斐迪南對德意誌的統治和他在哈布斯堡家族中的霸權地位。這項和約不僅使德皇權力延伸到波羅的海沿岸，而且預示著德意誌帝國在皇權擴展的基礎上實現中央集權化的可能性。
1629年斐迪南頒布了“歸還教產敕令”，要求將新教徒占有的教會地產重歸天主教會。這實際上反映了德皇要通過統一敕令，達到加強帝國權力的目的。