隆慶六年六月十六日早朝時，小皇帝朱翊鈞並未出現，而是讓太監王蓁當眾宣讀聖旨，讓首輔高拱回籍閑居，而張居正則順利地接替首輔之位。
關於這次權力鬥爭，本由高拱與大太監馮保之間的仇怨引起，但張居正無疑是最大贏家。史家通常的說法是張居正“附保逐拱”，這被當作張居正人生的汙點而讓人詬病。
張居正與高拱，都是徐階看中並著意栽培的人物。兩人同在國子監共事，又同為裕邸舊臣，關係一直很好，但隨著高拱與徐階反目並欲置徐階於死地，兩人便產生了分歧。張居正尊重導師，在高拱對徐階的三個兒子施以毒手時，張居正則盡力保護。為此，兩位心心相印的政友產生了矛盾。穆宗皇帝死後，兩人的矛盾公開化。說實話，如果不是張居正與馮保結為政治同盟扳倒了高拱，以高拱的性格，在他收拾了馮保之後，也一定會將張居正逐出內閣。為自身的安全計，張居正此舉雖有可指責之處，卻並沒有太多的過錯。政治鬥爭你死我活，與其成為失敗者讓人同情，倒不如當一個勝利者，哪怕受到非議。更重要的是，張居正與馮保結為盟友，並非沆瀣一氣做盡壞事，而是將朝廷中最大的一股政治力量團結起來，使其推行的“萬曆新政”得以順利展開，從這點上看，張居正團結馮保，實際上是做了一件利國利民的好事。
張居正當上首輔的第三天，即隆慶六年的六月十九日，小皇帝在乾清宮前麵的平台單獨接見張居正。其時，張居正因去萬壽山視察穆宗陵寢工程而中暑，在家養病。小皇帝見到張居正，便安慰道：“先生為父皇陵寢，辛苦受熱。”接著又追述先皇之言：“先生忠臣。”爾後又道：“凡事要先生盡心輔佐。”
十歲的小皇帝說出這番話，令張居正大為感動，於是伏地奏道：“臣叨受先帝厚恩，親承顧命，敢不竭力盡忠，以圖報稱。方今國家要務，唯在遵守祖製，不必紛紛更改。至於講學親賢，愛民節用，又君道所當先者，伏望聖明留意。”