萬曆五年的九月二十五日，張居正的父親張文明逝世的喪報傳到京城，這一下，給張居正出了很大的難題。
按明朝規定，凡父母雙親去世，官員必須在喪報到達之日當天，即向吏部具文回家守孝三年，期滿後再回朝廷複職，此舉稱為守製。在以忠孝立國的明朝，守製是天經地義的大事。一般士人都不能違反也不敢違反。設若某位官員碰到此類情況，恰逢朝廷中有緊要公事無法脫身，皇帝會額外下旨令其留任，這種情況被稱為“奪情”。在整個明代，奪情的官員少之又少，而且，凡奪情者不管是什麽原因，都會被士林恥罵。
張居正遭遇父喪，按道理必須回家守製。但是，萬曆新政的推行剛剛有了一點眉目，而清丈田畝的攻堅戰還未打響，如果在這節骨眼上離開首輔之位，那麽，改革事業可能半途而廢。從古至今，人亡政息的例子不在少數。
張居正是個孝子，聽到父親去世的噩耗之後，他五內俱焚，作為人子，他恨不能立刻啟程回荊州奔喪。但是作為一個政治家，他知道此時離開京城，就意味著改革的成果頃刻喪失。因為改革而喪失特權的外戚與勢豪大戶組成的強勢利益集團，正巴不得早一天趕他下台。經過權衡，張居正覺得應繼續留在首輔位子上推行改革。但是，鑒於朝廷的規定，他的去留須由皇上決定，他自己必須立即申請守製。於是，在收到報喪書的翌日，他即向皇上寫了一封《乞恩守製書》：
臣於本月二十五日，聞父訃音，即移谘吏部，題請放臣回籍守製。隨該吏部題奉聖旨：“朕元輔受皇考付托，輔朕幼衝，安定社稷，朕深切倚賴，豈可一日離朕？父製當守，君父尤重。準過七七，不隨朝。你部裏即往諭著，不必具辭。欽此。”
臣在憂苦之中，一聞命下，驚惶無措。臣聞受非常之恩者，宜有非常之報。夫非常者，非常理之所能拘也。