建文四年（1402）六月初八的晚上，南京城中潮濕燠熱。昔日密管繁弦車輦相接的帝京，如今籠罩在戰雲之下一片驚恐。手足無措的朱允炆在大內殿廷前徘徊。他已派人緊急召進方孝孺。當這位始終充滿自信的帝王師匆匆走進內廷，在東廡的長廊見到朱允炆時，他多少有點黯然神傷。因為這裏是他的老師宋濂向朱元璋講述《大學衍義》的地方。如今物是人非，新一代的君與臣、學生與老師，將會在這裏講些什麽呢？
看到方孝孺走近，朱允炆焦急地問：“方先生，燕兵已入龍潭，朕該怎麽辦？”
方孝孺問：“陛下想怎麽樣？”
朱允炆說：“有幾位大臣建議，讓朕棄守金陵，前往浙江或湖、湘，以圖重新振作。”
方孝孺連忙搖頭答道：“君王怎麽能夠離開帝都呢？城中尚有二十萬部隊，我們隻能盡力堅守，等待援軍的到來。”
朱允炆問：“萬一守不住呢？”
方孝孺看了一眼朱允炆，凜然說道：“就算是沒有希望了，國君為社稷而死，也是正當的，是死得其所。”
也許是方孝孺的正氣讓朱允炆感到了震撼，他頷首表示了同意。
方孝孺又說：“暫時的辦法，是再派大臣以及諸王前往龍潭，與燕王講和，以拖延他的進攻。陛下好等待勤王之師的到來。”
這一段話，記錄在《明通鑒》上，六百年後重讀，依然感到方孝孺的可親可敬。在生死存亡的關頭，他依然要他的學生堅定以身殉國的決心。明代的帝王師大都不幸，但方孝孺是最不幸的一個，可是他又是最幸運的一個。為什麽這樣說呢？因為朱允炆對他始終依賴，甚至可以用“言聽計從”四個字來形容。這樣的皇帝實不多見。
遺憾的是，明惠帝朱允炆的悲劇就在眼前。
方孝孺要朱允炆行使拖延術以待勤王之師。其時，朱允炆的股肱大臣王叔英與齊泰在廣德募兵，姚善與黃子澄在蘇州募兵，練子寧在杭州募兵，黃觀在長江上遊募兵。六月初十，朱允炆派人帶著藏有密詔的蠟丸分成數路遁出金陵，到各處催兵，但這些信使全部都被燕兵捕獲。得到消息後，朱允炆與方孝孺執手流涕，兩人知道大限將臨。