在朱棣當政的二十二年，楊士奇雖然深受信任，但常常還受到敲打。譬如說，朱棣在去世前一年，聽信旁人讒言，認為楊士奇輔導太子出了差錯，將他打入錦衣衛大牢，不到半個月又下旨釋放。朱棣兩次讓楊士奇到牢中小坐，皆有驚無險。這樣反倒增添了楊士奇的戒慎之心。永樂二十二年七月十八日，朱棣在西北榆木川軍中病逝，享年六十五歲。他死前讓英國公張輔赴京傳達遺詔，讓太子朱高熾繼位。朱高熾於八月十五中秋節這一天登皇帝位，是為仁宗。仁宗是一個勤政愛民的好皇帝，可惜在位時間太短。他死於第二年（即洪熙元年）的五月十二日。隻當了九個月的皇帝，享年四十八歲。
在仁宗執政的短短九個月內，他頒發了一係列詔令。對祖父朱元璋、父親朱棣兩位皇帝製造的冤案，都有所糾正；對老百姓的治理，更是大行寬政。因此，朝野上下都對這位新皇帝大加讚賞，認為是真正的太平天子。
他登基後不幾天，就下旨恢複被建文帝裁掉的公孤製度。始於漢代的公、孤，是朝廷的最高爵賞。各有三，三公為太師、太傅、太保；三孤為少師、少傅、少保。這六種職務並非專設，而是由尚書、輔臣中德高望重的人兼任。建文帝認為賞爵太濫是朝廷弊政，故革除。永樂一朝亦未恢複。仁宗皇帝恢複公、孤製度，乃是為了報答一直效命的幾位股肱大臣。第一批賞封公、孤的有四位大臣。他們是：蹇義為少傅，楊士奇為少保，楊榮為太子少傅，金幼孜為太子少保。
這四位大臣中，蹇義、楊士奇是仁宗身邊的老臣，而楊榮、金幼孜則是他的父親永樂皇帝的心膂。為了顯示公正，一邊提拔兩個。這四人中，最受仁宗信任的，應數楊士奇。
在仁宗執政的九個月裏，楊士奇提了不少好的建議。這裏記載四條。