明代的首輔，很少有北方人擔任，高拱似乎是第一個。北方人豪爽耿直的性格，既成全了他，也害了他。他遇事總是在第一時間表態，這種工作作風用於突發事件的處理，不會喪失機會。但若用於整人，也是立竿見影。
高拱領導的內閣，可謂四分五裂。一來是他獨斷專行，遇事不願與人商量，真正是“一把手說了算”。所以，四位閣臣大都對他不滿，隻有一位張居正與他合作，但最後兩人也產生了隔閡，其因是在對徐階的兒子處理上產生分歧。高拱必欲對徐公子加重處罰，恨不能問成死罪，而張居正卻暗中施加影響加以保護。有一天，高拱聽信門客的讒言，跑到張居正值房質問：“聽說你收了徐階送來的三萬兩銀子，才這麽下力氣幫他說話。”張居正一聽臉色大變，立即起身對天發誓。盡管後來高拱知道是有人誣告，又想和張居正彌縫裂痕，但張居正內心已對高拱產生警惕。
內閣中還有一位殷士儋，此人與高拱、張居正一樣，都是穆宗的裕邸舊臣。本來他早就應該入閣，但高拱忌恨殷士儋在他麵前倨傲，決不肯推薦。後來，殷士儋通過宦官疏通關節，穆宗直接任命他為閣臣。高拱因此愈加惱怒，於是唆使禦史趙應龍彈劾“殷士儋通過宦官進入內閣並非正道，不能參與機密”。殷士儋頗為難堪，於是上疏請求致仕，穆宗不同意。高拱的門生吏科都給事中韓楫揚言還要彈劾。有一天，韓楫進入內閣找高拱商量，恰巧被殷士儋碰到，於是當麵痛罵，捎帶著把高拱也痛斥一通，韓楫欲與之理論，被殷士儋摑了幾個耳光，張居正上來解勸，也遭到殷士儋的斥罵。此前，閣臣趙貞吉因不滿高拱的獨斷專行，已經上演了一場“武鬆打虎”，殷士儋這次再當鬥士，一時間瘋傳京城。
內閣相當於今天的國務院，是國家最高的行政機構。閣臣相當於總理和副總理。這麽高級別的領導人，居然在權力中樞打起架來，這在明朝曆史中是絕無僅有的事。這兩位輔臣，最終都遭到高拱門生的圍攻，各種彈劾奏章湧向穆宗，兩人不得不辭職回家。