隆慶六年五月二十六日，穆宗在乾清宮駕崩，享年三十六歲。穆宗死於酒色過度。臨死前一天，穆宗將高拱、張居正和剛入閣不到一個月的高儀三人叫到乾清宮內，在病榻前托付後事。
高拱等三人跪在病榻前，聽太監宣讀遺詔：
朕嗣祖宗大統六年，偶得此疾，遽不能起，有負先皇付托。東宮幼小，朕今付之卿等。宜協心輔佐，遵守祖訓，保固皇圖。卿等功在社稷，萬世不泯。
按明朝通常的說法，凡是皇帝臨終前接受托付的大臣，稱之為顧命大臣。內閣三大臣同受顧命，這是很正常的事情。但是，關於這份遺詔，還有另一個版本，即在“朕今付之卿等”一句後改成“望與司禮監協心輔佐”。高拱認為，這是矯詔。
當時，在穆宗麵前宣讀遺詔的是馮保，他當時的職務是司禮監秉筆太監兼東廠提督。司禮監是內廷二十四監局中的最高權力機構。司禮監的第一把手稱為掌印太監，餘下的尚有三至六名不等的秉筆太監。掌印太監與秉筆太監的關係，猶如內閣中首輔與次輔的關係。所以，掌印太監俗有“內相”之稱。馮保是三朝元老，在眾太監中不但是老資格，且書法、琴藝都有很深造詣，是太監中的飽學之士。論資格與能力，他早就應該當上掌印太監，但不知為何得罪了高拱。當世宗皇帝時的掌印太監李芳下台後，內廷一連換了兩個掌印太監，高拱極力推薦陳洪與孟衝相繼擔任，為此得罪了馮保。
但馮保是即將登皇帝位的神宗朱翊鈞的貼身太監。朱翊鈞從來不喊他的名字，而是親切喊“大伴”。朱翊鈞的生母李貴妃對馮保也極為欣賞。因此，隨著穆宗的駕崩，高拱的政治生命實際上也走到了盡頭。
穆宗病逝的當天，相距不到兩個時辰，一份中旨傳到內閣，罷免了司禮監掌印太監孟衝，馮保取而代之。所謂中旨，即是不通過內閣票擬而由皇帝直接下達的聖意。