隆慶六年六月初十，在穆宗駕崩後半個月，他的兒子十歲的朱翊鈞登皇帝位，是為神宗。他登基第三天，在高拱的安排下，言官韓楫、程文、雒遵等人彈劾馮保的奏折都送到神宗手上。同時，他也以自己名義給神宗上了一道《陳五事疏》，中心意思是強調限製司禮監的權力，把國事處置權交給內閣。高拱的設計是：神宗收到這幾份奏疏後，就會按常例發還內閣擬票，他就用擬票的權力，對馮保實行驅逐。
由此可見，高拱還是“書生政治家”，至少在這一點上，他是個教條主義者。他的設想若放在平常的人事處置上，倒也行得通。但在重大的人事上，特別是當君權與相權發生衝突的時候，所謂的票擬之權等於零。
高拱在實施了對馮保的“斬首行動”之後，還派人專門向張居正通氣，希望他再不要“與閹豎協謀”，而保持清名。張居正表麵應承，但即時將這消息向馮保作了通報。
其實，張居正的這種通報唯一的作用是向馮保證明盟友關係。這乃是因為，所有衙門及官員的奏疏都是通過通政司送達內廷，而代表皇帝接受奏疏的則是司禮監。所以說，不用張居正通報，馮保也會在神宗之前見到彈劾他的奏疏。老辣的馮保將這些奏疏拿給神宗及他的嫡母陳皇後、生母李貴妃看，並抱屈地說：“高拱彈劾我，是欺皇上年幼，想獨攬大權。”這句話戳到了李貴妃的痛處。此時，她最敏感的問題就是怕人說她兒子年幼無知。據說聽了馮保的話後，她抱著十歲的小皇帝痛哭失聲。
又三天過去，即神宗登基後的六天，一大清早，百官都匯聚到會極門下等待皇上的接見。高拱早早兒來到這裏，顯得異常興奮。他認為馮保的命運會在今天早朝中決定。但是，早朝的時間過去，小皇上卻沒有露麵。又等了一會兒，隻見宣旨太監王蓁慢悠悠走來，大聲說道：“皇上取消早朝，但有旨意在此。”說罷，抖開黃綾卷軸，一字一頓念了起來：