魏晉南北朝是個製度紊亂的年月，但又是個各種創新初現的時代。後來在隋唐時期定型的三省六部製，實際上在魏晉已經出現雛形，隻是還不夠穩定。同時原來的三公九卿製依然存在，雖然更多地成為一種名譽官銜，但由於各自的機構不撤，所以，不排除特殊情況下，舊體製重新掌握實際權力的可能。但總的來說，新的三省實現製度替代的趨向還是明顯的。雙軌製的存在，是製度變遷過渡時期的一大特色。
1．中書省的出現，尚書台之權第一次分割
在西漢武帝時，由於君權擴張，除了尚書台開始擴大之外，皇帝身邊的各種侍從和顧問也開始增加。其中有一些是備顧問和谘詢的“文學侍從”，以各種大夫、議郎、給事的名義出入內廷。還有些是專門陪伴皇帝左右的，做些應手的事情，或者插科打諢，給皇帝解悶，以常侍、侍中等名目存在。做後一種侍從的，往往為士人和宦官，到了東漢，宦官逐漸多了起來。東漢靈帝時，成立侍中寺，賦予其“省尚書事”，即審查尚書起草的詔書的權力。東漢的覆滅，依附在朝廷大樹上的宦官集團受到很大打擊，於是進入三國時代，皇帝的侍從又恢複到了西漢時的狀況。
這兩部分侍從的前一部分，在魏代漢以後，逐漸演變成了皇帝的專門秘書班子——中書省，而後一部分則演變成門下省。顯然，這種演變也是由於皇帝力圖對權力直接控製的結果。自尚書台侵奪了丞相的權力，變成實際上的中樞機構之後，兼尚書事的重臣往往變成了事實上的丞相，而尚書台內朝的意義也隨之變淡，實際上成了兼任尚書事重臣的附屬機關。曹操在事實上取代東漢王朝後，用自己的幕僚為秘書，將本屬尚書的草詔權拿了過來，直接掌握。朝代更迭之後，新朝為了強化君權，順理成章地將秘書變成中書。特立機構中書省，將尚書台的權力分割出了一部分，專門負責起草詔書，掌機要，自然也就成了參與最高決策的核心機構。