明朝皇帝統治有一個獨特之處，就是設置了監視群臣的特務機構。一般來講，做皇帝的懷疑臣子效忠與否是正常的，製度設置上相互牽製，監察機構的監察按理說已經足以防止臣子不忠甚至叛亂。所以，在正常情況下，傳統王朝政府很少利用特務，即使安插類似的人員，采用類似的手段，往往也是隱蔽的。因為大多數王朝往往強調君臣之間的道德聯係，強調君臣之間的信任。可是，猜忌心過重的明朝皇帝卻公開設置特務機構，昭示他們對於朝臣的不信任。特務機構於有明一朝，不斷地得到加強。
明朝最初的特務機關是錦衣衛。錦衣衛是朱元璋建立的特務機構，前身是從儀鸞司，具有皇帝身邊侍衛的性質。到了朱元璋屢興大獄、誅殺功臣的時候，儀鸞衛轉化為錦衣衛，內設鎮撫司專門負責“詔獄”，即皇帝親自處理的重大案件。這個機構實際上成為朱元璋迫害功臣的工具。朱元璋連興大獄，大規模刑訊逼供，殺掉數以萬計的官員，幾乎全靠錦衣衛。正是在明初官場的血雨腥風中，錦衣衛得以壯大成長，獲得了動輒置人於死地的特權。據說，在朱元璋時代，朝臣們早上出門，都要跟家人訣別，說不定晚上就回不來了。
錦衣衛也負責監視群臣，緝捕叛逆。凡是他們認為可疑的人，可以不經司法機關，自行抓進監獄審訊。在明朝，凡是進了錦衣衛監獄的人，一般都難以活著出來。其酷刑之殘忍，超出常人想象，往往使人在受盡折磨後“招供”，然後再處死。錦衣衛審理詔獄，刑部和大理寺不能幹涉，但有的時候，錦衣衛卻可以幹預刑部管轄的案件，隻要他們認為適當，就可以從刑部提走人犯，或者幹預正常的案件審理。不僅如此，錦衣衛還不受任何機關監督，連禦史也不能彈劾。錦衣衛的成員犯了法，隻有皇帝能夠處置，所以，錦衣衛等於是政府之外的政府。