清代的中央行政機構基本上承襲明製，六部直接受命於皇帝。但六部的領導體製和職能都有所變化。清朝的六部，是滿漢兩套長官，即一個滿人尚書，一個漢人尚書，侍郎也是滿漢各二，尚書和侍郎同為“堂官”，共同負責部務。六部堂官以下的屬官，從堂主事、郎中、員外郎到主事，也同樣是滿漢各半。官員雖然滿漢各半，但權力關係卻不對等。一般來說，滿人長官的權力要大得多，各部、司的大印，例由滿人官員來執掌。但是，由於文化層次的差異，政治經驗的不同，漢官的辦事能力（尤其是文字能力）一般要優於滿官，所以，在具體的行政操作層次，滿漢權力大體上還是平衡的。但是，這樣的安排，人口少得多的滿人，入仕機會顯然要比漢人大得多。
明清製度架構雖然一樣，但由於皇帝的行為不同，政治操作的習慣各異，所以，六部的權限職能也有所不同。明代的吏部權力最大，吏部尚書不僅負責官員的升遷，而且是六部領袖，可以主持廷議和廷推，可以與內閣相抗衡。但是，清代的吏部，不僅官員升遷的權力已經被皇帝和軍機處拿走，而且也不是六部領袖，所有朝廷的議政會議，都由皇帝自己親自主持，吏部尚書隻是各部堂官的一員而已。吏部的職能，隻是負責官員的考核，為官員的升遷降黜提供參考意見，兼代辦理官員上任離任的手續，開捐時辦理相應手續，安排候缺的次序。
清朝的兵部，權限也有所縮減。軍政、軍令自有軍機處管，兵部所能管的隻有武職將領的考核，為升遷提供資料。工部的事務也不多，曆來繁重的河工，已經另派河道總督管理，隻有宮殿修繕的時候，他們才有點事做。禮部的學校事務，多半由朝廷派出的學政管理。科舉考試也是皇帝另派主考、副主考操辦。部裏剩下的隻是些朝廷的禮儀事務。