清代的地方官製，跟明代差不多，但還是有點變化。在省一級，總督和巡撫已經確定為最高長官。比起明朝，其臨時性大大減少，隻是少數省份還有管兩省的總督與管一省的巡撫同城的現象。比如管轄兩湖的湖廣總督跟湖北巡撫同駐武昌，兩廣總督和廣東巡撫同駐廣州。在清朝中前期，共設8個總督，計有直隸總督，轄直隸一省，由於地處核心，地位最尊；兩江總督，轄江蘇、安徽、江西3省；湖廣總督，轄湖南、湖北2省；閩浙總督，轄浙江、福建2省；陝甘總督，前期又稱山陝總督，轄陝西、甘肅2省；四川總督，轄四川一省；兩廣總督，轄廣東、廣西2省；雲貴總督，轄雲南、貴州2省。1907年，東北設置奉天、吉林、黑龍江三省，增設東三省總督。除了作為地方大員的總督之外，清朝還有負責漕運的漕運總督和負責北方河道修浚的河道總督，漕督和河督品級要略低，與巡撫相同。
督撫之外，其餘的省級官員、布政使和按察使跟明代相同，隻有學政一職，需要解釋。清初，基本上承襲明製，在各省設學道，隻有少數特別的省份設學院。雍正初年，各省學官一律改為提督學政，簡稱學政。學政負責一省的學校事務，考察各級學校、教師、生員，主持生員的歲考和科舉預備考試，工作並不繁重，似乎權力也不大。但清朝的學政，例由翰林出任，具有欽差的性質，而且主持的是清要的學務，所以在一省之中，地位僅僅次於督撫。盡管學政的官階可能僅僅是七品的一般翰林，但上任時，督撫須率領地方官員全體出迎，學政在禮製上與督撫平起平坐。在某種意義上，學政負有監督地方大員的職責。
省之下，清朝繼承了明代分巡道的製度，並進一步將道變成實體的行政機構，建有衙署，管轄府、縣。府這一級架構，基本與明代相同，與府同級的還有直隸州和直隸廳，但兩者多不轄縣，府以下則是縣、州和廳，以縣為主。