前麵談到過，清朝的政治格局一向有兩個特點：一是滿重漢輕，二是內重外輕。還在乾隆末年，這種格局所導致的清朝政府缺乏彈性，難以應付地方突發事件的弱點，已經在川、楚白蓮教起義中暴露無遺。隨著滿人整體政治素質的下降，這種政治格局的弱點就更加突出。為了應付局麵，在乾隆之後，為了利用漢人士大夫的力量，漢人官僚和士紳的地位已經有所提高，但從總體上看，清朝政治的這一格局，還沒能有根本性的扭轉。
根本性的轉機來自於清朝崩盤的威脅。1851年起源於廣西的太平天國農民起義，衝出廣西後以暴風驟雨之勢，席卷大半個中國。就當時而言，清朝政府崩潰的勢頭，比當年元朝政府還要來得快，如果不是起義農民領袖貪戀長江中下遊地區的繁華，起義軍內部又因爭權奪利而出現內訌，很可能在很短的時間內，滿人又會像當年的蒙古人一樣，被趕回關外。
當然，太平天國沒有全力北伐的失誤，給了清朝政府一點喘息的機會，也給了漢人士紳選擇的機會。本來，像這種王朝末世，地方上的士紳最關心的應該是自己家族和地方的利益，未見得會傾力效忠政府，加上太平天國以推翻異族統治相號召，理應對於漢族知識分子更有吸引力才是。可是，太平天國起義，恰是以西方基督教的某些思想因素，糅雜了中國鄉土意識拚湊成的拜上帝教為組織核心的。雖然在太平天國領導人洪秀全、楊秀清、馮雲山一幹人頭腦裏，西方基督教的思想沒有多少，但他們創造的拜上帝教，卻以強烈的反傳統麵目出現，兵鋒所及，掃**著一切中國固有的雅俗文化，儒釋道概莫能外，至少從形式上，傳統的三教都受到了巨大衝擊。而且，在農民式的禁欲主義指導下，太平天國實行打破家庭，分男營女營的政策，對中國社會產生了顛覆性衝擊。從某種意義上說，確實有“鏟孔孟，覆倫常”的意味。雖然洪秀全等人事實上並不可能真地拋棄儒家倫理，甚至對倫理和禮教的講究比士大夫還要厲害，但他們起義的外在表現，卻的確對士大夫們賴以生存的意識和觀念造成了難以接受的衝擊。