自1903年開始的清朝新政，是清朝曆史上最後一次，也是規模最大的一次自上而下的製度變革。新政之所以能夠推行，現實原因是西方國家與清政府達成的妥協，以承認西太後的統治，換取中國全麵的屈服與開放，而首先是中國政府機構與西方接軌。於是，總理衙門改為外務部，成為中國政府改革的先聲，隨後，政府改革一點點地並不是很有序地推行，直至1903年全麵展開。其實，改革的更深一層動因還是來自中國內部，戊戌的使命依然需要完成。事實上，新政改革，在開始的時候基本上是依照戊戌的方案，從學俄學日入手。但是，西太後照抄戊戌方案，卻堅決不給戊戌變法平反，中國20世紀最初也是最後一次和平的改革，就在這樣一種別扭的政治空氣中拉開了大幕。
一、新政的中央政府機構改革
庚子以後，首先改革的機構是總理衙門。八國聯軍侵占了北京、清朝政府全麵妥協之後，西方列強自然覺得對中國有了半個主子的資格，可以理直氣壯地對清政府發號施令了。他們早就不滿意清朝外交機構暗含“天下中心”的自我感覺，竟然想“總理”中國的事務，於是，在“議和”尚在進行之際，就提出要求清政府將總理衙門改為外務部，各國公使的聯合照會，甚至非常具體地規定外務部的地位必須排在六部之前，而且管部大臣必須由近支王公擔任，部尚書必有一人是軍機大臣，侍郎必有一人懂外語。由於中國已經沒有了跟西方討價還價的資本，盡管這些要求看起來很蠻橫，但是，後來在外務部組建時，基本上都落實了。
改組之後的外務部，設四司、一廳、五處。四司為：和會司，負責安排各國使節覲見，派遣使節，以及本部官員的升遷考核；考工司，負責原來總理衙門的各種實業性的洋務，包括鐵路、開礦、機器製造、軍火和船政等等；榷算司，負責本部開支，關稅監督，對外借還款，以及貨幣郵政等項事宜；庶務司，負責防務、邊界，傳教以及外國人的保護。一廳是司務廳，負責往來文書以及一切雜務。五處分別是俄、德、法、英、日處，分別負責辦理與五國的交涉事務。改組後的外務部跟總理衙門職掌完全一樣，隻是機構正式化了，與其他六部機構大體相近，屬官也跟六部一樣，設郎中、員外郎和主事，變成了清朝政府的正式機關。顯然，這樣的外務部，跟西方國家的外交部門，還是不甚相同，並沒有在實質上走上現代行政軌道。